Στην περιοχή Πυργί της αρχαίας Ελεύθερνας Μυλοποτάμου, που βρίσκεται 24km ανατολικά του Ρεθύμνου, υπάρχουν τα ερείπια ενός πύργου φρουριακής μορφής. Ο πύργος αυτός ήταν προρωμαϊκό κτίσμα και προστάτευε τη μοναδική είσοδο της αρχαίας πόλης.

Το τμήμα του μονοπατιού Ε4 που ξεκινά από τις Μαργαρίτες και τελειώνει στο Χουμέρι διέρχεται κυρίως κατά μήκος του κεντρικού δρόμου που συνδέει τα χωριά της περιοχής (Πηγουνιανά, Ορθές, Καλανδαρέ, Καλαμάς, Πασαλίτες). Τα κυριότερα σημεία της διαδρομής περιλαμβάνουν το κεραμικό κέντρο του χωριού Μαργαρίτες, τα καλοδιατηρημένα δείγματα της Κρητικής παραδοσιακής αρχιτεκτονικής και ορισμένες σημαντικές Βυζαντινές εκκλησίες.

Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο κέντρο των Μαργαριτών και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός. Κάτω από το στρώμα σοβά έχουν αποκαλυφθεί μερικές τοιχογραφίες του 1383. Στην είσοδο του ναού υπάρχει οικόσημο.

Ο διπλός ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο νεκροταφείο του οικισμού της Αρχαίας Ελεύθερνας. Ο αρχικός του 10ου αιώνα έχει τρούλο κι είναι κτισμένος στα ερείπια παλιότερου του 6ου αιώνα. Στον τρούλο σώζεται τοιχογραφία του Παντοκράτορα, ενώ στο δάπεδο υπάρχει τάφος.

Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις Μαργαρίτες βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του οικισμού. Αποτελεί μονόχωρο καμαροσκέπαστο ναό και στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών και εντυπωσιακό πέτρινο τέμπλο. Σε κάθε μια πλευρά του ναού ανοίγονται τρία τυφλά αψιδώματα.

Στη θέση Κατσίβελος της Αρχαίας Ελεύθερνας έχουν αποκαλυφθεί τα ερείπια μιας επιβλητικής βασιλικής. Η βασιλική είναι κτισμένη στη θέση αρχαιότερου ιερού του 3ου αιώνα π.Χ, πιθανώς του Ερμή και της Αφροδίτης. Η βασιλική ιδρύθηκε από τον επίσκοπο Ελευθέρνης Ευφρατά περίπου το 450μΧ και ήταν αφιερωμένη στον Μιχαήλ Αρχάγγελο.

Μέσα στο Μαργαριτσανό φαράγγι συναντάμε το Βυζαντινό ναό της Αγίας Παρασκευής, στην οποία φτάνει χωματόδρομος από τα Πηγουνιανά. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει στο εσωτερικό του ίχνη τοιχογραφιών της Ενετοκρατίας.