Οι Μαργαρίτες της επαρχίας Μυλοποτάμου στο Ρέθυμνο αποτελούν ένα από τα ομορφότερα χωριά της Κρήτης. Είναι κτισμένο σε πανοραμική τοποθεσία σε υψόμετρο 300μ πάνω από καταπράσινα φαράγγια και επιβλέπει τη θάλασσα του Ρεθύμνου. Τα πολύχρωμα πετρόκτιστα σπίτια, οι επιβλητικοί ναοί και τα γραφικά σοκάκια προσελκύουν επισκέπτες από όλο το νησί. Η γειτνίαση με την Αρχαία Ελεύθερνα και το Αρχαιολογικό Μουσείο Ελεύθερνας έχει αυξήσει τον αριθμό των επισκεπτών των Μαργαριτών, οι οποίοι συνήθως σταματούν για φαγητό εδώ.
Το χωριό έχει μεγάλη παράδοση στην αγγειοπλαστική, όπως θα αντιληφθεί κάποιος από την πρώτη στιγμή που θα πατήσει εδώ. Δεκάδες καταστήματα πωλούν ντόπια κεραμικά, όπως πιθάρια, γλάστρες, πιατέλες, με τεχνικές κατασκευής που έχουν τις ρίζες τους πίσω στη Μινωική εποχή. Το χωριό, μαζί με το Θραψανό στο Ηράκλειο, αποτελούν τα μεγαλύτερα κέντρα αγγειοπλαστικής στην Κρήτη. Όπως και στο Θραψανό, ο άργιλος (φυσικός πηλός) γύρω από το χωριό ήταν ανέκαθεν άφθονος, παρόλο που σήμερα δυστυχώς η πρώτη ύλη προέρχεται από το εμπόριο.
Η πλούσια ιστορία ενός Κρητικού χωριού αντανακλάται στις εκκλησίες του. Έτσι και στις Μαργαρίτες, ο επισκέπτης θα δει πολλές εκκλησίες της Ενετοκρατίας. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν ο Άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος με τις τοιχογραφίες του 1383, ο Άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος του 15ου αιώνα, η Κοίμηση της Θεοτόκου με το εντυπωσιακό καμπαναριό κι ο Άγιος Νικόλαος. Επίσης υπάρχει μοναστήρι σε λόφο πάνω από το χωριό αφιερωμένο στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος και τον Άγιο Γεδεών.
Οι Μαργαρίτες κάηκαν από τους Ενετούς λόγω της επαναστατικής δράσης των κατοίκων της το 1333. Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Τούρκους, έγιναν έδρα της επαρχίας Μυλοποτάμου, ενώ το 1829 αποτέλεσαν έδρα του Κρητικού Συμβουλίου. Το 1879 έγινε έδρα του δήμου Μαργαριτών.
- 1
- 2
Ο Πύργος της Ελεύθερνας 
Στην περιοχή Πυργί της αρχαίας Ελεύθερνας Μυλοποτάμου, που βρίσκεται 24km ανατολικά του Ρεθύμνου, υπάρχουν τα ερείπια ενός πύργου φρουριακής μορφής. Ο πύργος αυτός ήταν προρωμαϊκό κτίσμα και προστάτευε τη μοναδική είσοδο της αρχαίας πόλης.
Μονοπάτι Ε4 Μαργαρίτες - Χουμέρι 
Το τμήμα του μονοπατιού Ε4 που ξεκινά από τις Μαργαρίτες και τελειώνει στο Χουμέρι διέρχεται κυρίως κατά μήκος του κεντρικού δρόμου που συνδέει τα χωριά της περιοχής (Πηγουνιανά, Ορθές, Καλανδαρέ, Καλαμάς, Πασαλίτες). Τα κυριότερα σημεία της διαδρομής περιλαμβάνουν το κεραμικό κέντρο του χωριού Μαργαρίτες, τα καλοδιατηρημένα δείγματα της Κρητικής παραδοσιακής αρχιτεκτονικής και ορισμένες σημαντικές Βυζαντινές εκκλησίες.
Ναός Αγίου Ιωάννη Προδρόμου στις Μαργαρίτες 
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο κέντρο των Μαργαριτών και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός. Κάτω από το στρώμα σοβά έχουν αποκαλυφθεί μερικές τοιχογραφίες του 1383. Στην είσοδο του ναού υπάρχει οικόσημο.
Ο διπλός ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο νεκροταφείο του οικισμού της Αρχαίας Ελεύθερνας. Ο αρχικός του 10ου αιώνα έχει τρούλο κι είναι κτισμένος στα ερείπια παλιότερου του 6ου αιώνα. Στον τρούλο σώζεται τοιχογραφία του Παντοκράτορα, ενώ στο δάπεδο υπάρχει τάφος.
Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις Μαργαρίτες βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του οικισμού. Αποτελεί μονόχωρο καμαροσκέπαστο ναό και στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών και εντυπωσιακό πέτρινο τέμπλο. Σε κάθε μια πλευρά του ναού ανοίγονται τρία τυφλά αψιδώματα.
Στη θέση Κατσίβελος της Αρχαίας Ελεύθερνας έχουν αποκαλυφθεί τα ερείπια μιας επιβλητικής βασιλικής. Η βασιλική είναι κτισμένη στη θέση αρχαιότερου ιερού του 3ου αιώνα π.Χ, πιθανώς του Ερμή και της Αφροδίτης. Η βασιλική ιδρύθηκε από τον επίσκοπο Ελευθέρνης Ευφρατά περίπου το 450μΧ και ήταν αφιερωμένη στον Μιχαήλ Αρχάγγελο.
Μέσα στο Μαργαριτσανό φαράγγι συναντάμε το Βυζαντινό ναό της Αγίας Παρασκευής, στην οποία φτάνει χωματόδρομος από τα Πηγουνιανά. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει στο εσωτερικό του ίχνη τοιχογραφιών της Ενετοκρατίας.
- 1
- 2
