Το Ηράκλειο φιλοξένησε εξαιρετικούς ναούς, πρώην ανδρικά και γυναικεία μοναστήρια, ειδικά κατά την Ενετοκρατία. Η έδρα της Αρχιεπισκοπής Κρήτης βρίσκεται εδώ και υπάγεται απευθείας στο Οικουμενικό Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Δυστυχώς κυρίως στις αρχές του 20ου αιώνα πολλά από τα λαμπρά μνημεία κατεδαφίστηκαν για τον "εκμοντερνισμό" της πόλης.
- 1
- 2
Ναός Αγίου Ματθαίου Σιναϊτών 
Στο ναό αυτόν εκκλησιάζονταν όλοι οι Χριστιανοί μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Οθωμανούς, καθώς οι Οθωμανοί μετέτρεψαν την Αγία Αικατερίνη σε Τζαμί. Έτσι οι Σιναΐτες μοναχοί μετέφεραν το μοναστήρι στον Άγιο Ματθαίο.
H Παναγία των Σταυροφόρων (Crosecchieri), αποτελούσε τμήμα της Λατινικής μονής του Τάγματος των Καπουτσίνων μοναχών και βρίσκεται στη σημερινή οδό Μάρκου Μουσούρου.
Ο σημερινός ναός της Αγίας Παρασκευής, που βρίσκεται στην οδό Μονής Καρδιωτίσσης, κτίστηκε στις αρχές του 20ου αιώνα και εγκαινιάστηκε στις 13 Ιουνίου 1910. Στον πρώτο κατάλογο των εκκλησιών του 1320 αναφέρεται, στον ίδιο χώρο, ναός αφιερωμένος στην Παναγία.
Ο Άγιος Γεώργιος των Δωριανών ήταν τρίκλιτη, σχετικά μικρών διαστάσεων, εκκλησία. Κτίστηκε στη Β΄ Βυζαντινή περίοδο και παραχωρήθηκε στους Αρμένιους, οι οποίοι είχαν εγκατασταθεί εκείνη την περίοδο, ίσως από τον Νικηφόρο Φωκά, στην πόλη του Ηρακλείου.
Στο κτίριο που θα στεγαστεί το Βυζαντινό Μουσείο Ηρακλείου λειτουργούσε κατά την Ενετοκρατία η γυναικεία μονή της Κεράς Ακρωτηριανής ή Monasterio Greco Madonna Acrotiriani.
- 1
- 2
