Ο σημερινός ναός της Αγίας Παρασκευής, που βρίσκεται στην οδό Μονής Καρδιωτίσσης, κτίστηκε στις αρχές του 20ου αιώνα και εγκαινιάστηκε στις 13 Ιουνίου 1910. Στον πρώτο κατάλογο των εκκλησιών του 1320 αναφέρεται, στον ίδιο χώρο, ναός αφιερωμένος στην Παναγία.
Στο λιμάνι του Ηρακλείου βρίσκουμε ακόμη και σήμερα τμήμα από τα νεώρια που αποτελούνταν από μεγάλους επιμήκεις θολοσκέπαστους χώρους. Ουσιαστικά πρόκειται για τα καρνάγια των Ενετών που στέγαζαν, φύλαγαν, κατασκεύαζαν και επισκεύαζαν τα πλοία τους.
Το Μουσείο Εικόνων και Κειμηλίων Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης στεγάζεται στον Ενετικό ναό της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών, στο κέντρο του Ηρακλείου, και δίπλα στο Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά.
Το ρημαγμένο σήμερα Πανάνειο Δημοτικό Νοσοκομείο κατασκευάσθηκε με δαπάνη του Πανανού Θεοδουλάκη και της συζύγου του Αθηνάς Ανεμογιάννη. Η κατασκευή του ξεκίνησε το 1895, αλλά η μεγάλη επανάσταση του 1896 διέκοψε τις εργασίες κατασκευής του, οι οποίες ξανάρχισαν το Νοέμβριο του 1896, για να σταματήσουν πάλι το 1897. Κατά τη διάρκεια της Κρητικής Πολιτείας οι εργασίες ξεκίνησαν πάλι το 1900 και στις 10 Φεβρουαρίου 1902 το νοσοκομείο εγκαινιάστηκε.
Η στοά Μακάσι (που σημαίνει «κλειδούχος» στα Τουρκικά) βρίσκεται ήταν στρατιωτική πύλη στα Ενετικά Τείχη Ηρακλείου, η οποία είχε μήκος 110 μέτρα. Η στοά οδηγεί στην ανατολική χαμηλή πλατεία του Μαρτινέγκο, όπου υπήρχαν τα κανόνια που προστάτευαν τον προμαχώνα Βηθλεέμ.
Ο Μητροπολιτικός ναός είναι αφιερωμένος στον Άγιο Μηνά, τον προστάτη Άγιο των Καστρινών, συνδυάζοντας έτσι το θρύλο με την παράδοση και την ιστορία της πόλης. Κτίστηκε το 1862 και είναι ένας από τους πιο μεγαλοπρεπείς και επιβλητικούς ναούς της Ελλάδας.
Η Πύλη της Άμμου (Σαμπιονάρα) βρίσκεται στη βορειοδυτική πλευρά του προμαχώνα Sabionara. Οδηγούσε από την παραλία ανατολικά του λιμανιού στο εσωτερικό της πόλης.
Ο ναός του Αγίου Ονουφρίου βρίσκεται στην κεντρική αγορά του Ηρακλείου και είναι εντελώς άγνωστος στους περισσότερους καθώς είναι εγκλωβισμένος από διάφορα καταστήματα των οδών 1866, Τσικριτζή και Έβανς. Σήμερα μπορεί να δει κάποιος τον τρούλο του μέσα από την αγορά της οδού 1866 ή τις ταράτσες των παρακείμενων πολυκατοικιών, ενώ πρόσβαση στο εσωτερικό του ναού υπάρχει μέσα από το αρτοποιείο Τούλη.