Το Τζαμί του Καρα Μουσά Πασά στο Ρέθυμνο πήρε το όνομά του από τον ναύαρχο των Τούρκικων δυνάμεων κατάληψης του Ρεθύμνου, το έτος 1646. Στο σημείο αυτό, ήδη από την Ενετοκρατία, λειτουργούσε η μονή της Αγίας Βαρβάρας
Το Ρέθυμνο κατά την Ενετοκρατία είχε μεγάλο αριθμό εκκλησιών, με το νούμερο να κυμαίνεται σύμφωνα με τις πηγές, από 23 έως 46. Οι περισσότεροι ναοί ήταν Ορθόδοξοι, σήμερα ελάχιστοι από αυτούς σώζονται, ενώ κατά την Τουρκοκρατία πολλά ήταν και τα τζαμιά. Οι παλαιότεροι σωζόμενοι χριστιανικοί ναοί είναι της Αγίας Παρασκευής που σε δεύτερη χρήση σήμερα στεγάζει το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας και η Αγία Σοφία που χρησιμοποιείται από το Υπουργείο Πολιτισμού.
