Το Ρέθυμνο κατά την Ενετοκρατία είχε μεγάλο αριθμό εκκλησιών, με το νούμερο να κυμαίνεται σύμφωνα με τις πηγές, από 23 έως 46. Οι περισσότεροι ναοί ήταν Ορθόδοξοι, σήμερα ελάχιστοι από αυτούς σώζονται, ενώ κατά την Τουρκοκρατία πολλά ήταν και τα τζαμιά. Οι παλαιότεροι σωζόμενοι χριστιανικοί ναοί είναι της Αγίας Παρασκευής που σε δεύτερη χρήση σήμερα στεγάζει το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας και η Αγία Σοφία που χρησιμοποιείται από το Υπουργείο Πολιτισμού.
Νερατζέ Τζαμί (Ωδείο Ρεθύμνου) 
<pΑν και οι παλαιότερες μαρτυρίες για τη μονή Αυγουστιανών μοναχών, ένα από τα πιο σημαντικά μοναστικά καθιδρύματα των βενετών, ανάγονται στο β’ μισό του 16ου αιώνα, εν τούτοις είναι σχεδόν βέβαιο ότι η μονή ιδρύθηκε σε αρκετά πρωιμότερη περίοδο. Σήμερα είναι γνωστό ως Νερατζέ Τζαμί.
