Το Ρέθυμνο κατά την Ενετοκρατία είχε μεγάλο αριθμό εκκλησιών, με το νούμερο να κυμαίνεται σύμφωνα με τις πηγές, από 23 έως 46. Οι περισσότεροι ναοί ήταν Ορθόδοξοι, σήμερα ελάχιστοι από αυτούς σώζονται, ενώ κατά την Τουρκοκρατία πολλά ήταν και τα τζαμιά. Οι παλαιότεροι σωζόμενοι χριστιανικοί ναοί είναι της Αγίας Παρασκευής που σε δεύτερη χρήση σήμερα στεγάζει το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας και η Αγία Σοφία που χρησιμοποιείται από το Υπουργείο Πολιτισμού.
Ναός Μεγάλης Παναγιάς στο Ρέθυμνο 
Ο μητροπολιτικός ναός της Μεγάλης Παναγιάς στο Ρέθυμνο είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου (εορτ. 21 Νοεμβρίου). Το αρχικό κτίριο ήταν τρίκλιτη βασιλική με το μεσαίο κλίτος αφιερωμένο στα Εισόδια της Παναγίας και τα άλλα δύο στους Τρεις Ιεράρχες και στους Αγίους Αποστόλους.
Ο ναός της προστάτιδας του Ρεθύμνου, Αγίας Βαρβάρας, βρίσκεται κοντά στη Μεγάλη Παναγία και εορτάζει στις 4 Δεκεμβρίου. Ο ναός ιδρύθηκε το 1885 στη θέση παλαιότερου ναού, πιθανότατα αφιερωμένου στην ίδια αγία, που εμφανίζεται σε χάρτες του 1613.
Ο μεγάλος ναός των Τεσσάρων Μαρτύρων βρίσκεται νότια από τα τείχη της παλιάς πόλης. Είναι αφιερωμένος στους νεομάρτυρες κρυπτοχριστιανούς Αγγελή, Μανουήλ, Γεώργιο και Νικόλαο από τις Μέλαμπες, οι οποίοι μαρτύρησαν κοντά στο σημείο το 1824.
Στη δυτική πλευρά του επιβλητικού κάστρου της Φορτέτσας στο Ρέθυμνο και πάνω από τη θάλασσα βρίσκεται ο σπηλαιώδης ναός του Αγίου Σπυρίδωνος στο Σκίερο (εορτ. 11 Αυγούστου και 12 Δεκεμβρίου). Ο ναός χρονολογείται στον ύστερο 16ο αιώνα και αποτελεί έναν από τους παλαιότερους ναούς της πόλης του Ρεθύμνου που διασώζονται.
Η μικρή εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης είναι σύγχρονος ναός και βρίσκεται μέσα στο φρούριο της Φορτέτσας στο Ρέθυμνο . Κτίστηκε τον 19ο αιώνα με υλικά από το φρούριο πολύ κοντά στο σημείο που βρίσκεται το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν. Το καμπαναριό προστέθηκε το 1985.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου της Γρότα (Grotta) είναι μικρός μονόχωρος ναός που βρίσκεται σε στενό αδιέξοδο στην παλιά πόλη του Ρεθύμνου και χρονολογείται στον 16ο αιώνα. Η ταύτιση του σημερινού ναού με τον ομώνυμο ναό των Ενετικών αρχείων δεν είναι βέβαιη, καθώς στην πόλη υπήρχαν τρεις ναοί αφιερωμένοι στον Άγιο Γεώργιο.
Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου (Γουλανδρή) 
Το Τέμενος Μασταμπά, με την ιδιάζουσα αρχιτεκτονική των 9 τρούλων, τα συνεχόμενα κελιά, το «Ηγουμενείο» και τον περιβάλλοντα χώρο του αποτελεί αυτό καθ’ αυτό μνημείο της πόλης του Ρεθύμνου. Έχει παραχωρηθεί στο Μ.Γ.Φ.Ι. με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού. Μετά την ολοκλήρωση της αναστήλωσης και την εκτέλεση της σχετικής μουσειολογικής μελέτης, λειτουργεί ως Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου – Γουλανδρή Φ.Ι.
Μονή Αγίου Παύλου στο Γάλλο 
Η μονή του Αγίου Παύλου βρίσκεται στον οικισμό του Γάλλου, κοντά στο Πανεπιστήμιο Κρήτης. Η αναστηλωμένη σήμερα μονή, για την οποία δεν διασώζονται πληροφορίες για την ιστορία της, αποτελεί μετόχι της Μονής Αρκαδίου.
