Η μινωική Κυδωνία ήταν κτισμένη στη σημερινή περιοχή της παλιάς πόλης των Χανίων. Η Κυδωνία ήταν η τρίτη μεγαλύτερη πόλη της μινωικής Κρήτης. Ανέπτυξε ακμαία βιοτεχνία και πλούτισε μέσα από το θαλάσσιο εμπόριο, το οποίο ευνοούσε η θέση της. Μάλιστα, οι αρχαίοι συγγραφείς αναφέρουν την Κυδωνία ως τη μητέρα των Κρητικών Πόλεων.
Μετά την απελευθέρωση της Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961μΧ, οι Βυζαντινοί οχύρωσαν τις σπουδαιότερες πόλεις με νέα ισχυρά τείχη. Στα Χανιά ακόμη και σήμερα συναντάμε τμήματα από το τείχος που κτίστηκε στην ακρόπολη της αρχαίας Κυδωνίας, στο λόφο Καστέλι, που επέβλεπε το λιμάνι. Όταν οι Ενετοί κατέλαβαν την Κρήτη τον 13ο αιώνα ανοικοδόμησαν το τείχος σύμφωνα με τις νέες ανάγκες της εποχής.
