Το Σπήλαιο της Μαριάς βρίσκεται δυτικά-νοτιοδυτικά των Μαλίων σε υψόμετρο 106μ, πάνω στο μονοπάτι που οδηγεί από τα Μάλια στο Μοχό. Το γεγονός αυτό έχει αυξήσει την επισκεψιμότητα του σπηλαίου με αποτέλεσμα να έχει υποστεί μεγάλες φθορές από βανδαλισμούς και απρόσεκτους επισκέπτες στα σταλαγμιτικά του. Ο προσανατολισμός του σπηλαίου είναι νοτιοανατολικός και η θερμοκρασία του σπηλαίου είναι αρκετά υψηλή για τα δεδομένα της περιοχής. Κατά τους θερινούς μήνες η σταλαγματοροή και η υγρασία του σπηλαίου είναι αρκετά υψηλές.
Έχει μήκος περίπου 30μ με μικρό ύψος και πολλά στενά περάσματα. Από τον προθάλαμο για να μπει κάποιος στο κυρίως σπήλαιο χρειάζεται να περάσει από ένα πάρα πολύ μικρό άνοιγμα. Η ζωή στο σπήλαιο δεν είναι ιδιαίτερα ανεπτυγμένη, πιθανότατα λόγω της μεγάλης επισκεψιμότητας που δέχεται.