Ο αρχαιολογικός χώρος των Μαλίων βρίσκεται 3χλμ ανατολικά των Μαλίων, δίπλα στον υδροβιότοπο του Ποταμού και πολύ κοντά στη θάλασσα. Εδώ υπήρξε μια σημαντική μινωική πόλη και το τρίτο μεγαλύτερο σε μέγεθος μινωικό ανάκτορο, μετά της Κνωσού και της Φαιστού. Σύμφωνα με τη μυθολογία, εδώ βασίλεψε ο Σαρπηδόνας, αδελφός του Μίνωα και γιος του Δία και της Ευρώπης. Τον Σαρπηδόνα εξεδίωξε ο αδερφός του, Μίνως, και στη συνέχεια βρήκε καταφύγιο στη Λυκία της Μικράς Ασίας.
Ως το 1880, η ύπαρξη της πόλης ήταν άγνωστη, όταν ο ιδιοκτήτης της περιοχής ανακάλυψε μερικά φύλλα χρυσού λίγα μέτρα δυτικά από το ανάκτορο. Το γεγονός αυτό στάθηκε αφορμή για να ανασκαφτεί ολόκληρη η περιοχή από χρυσοθήρες, παίρνοντας το όνομα Χρυσόλακκος. Το 1915 Ιωσήφ Χατζιδάκης ξεκίνησε τις ανασκαφές στο λιμάνι, ενώ το 1921 η Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή συνέχισε τις εργασίες στο Χρυσόλακκο, όπου βρέθηκε το περίφημο χρυσό κόσμημα με τις μέλισσες, το οποίο θεωρείται ως το σπουδαιότερο εύρημα των Μαλίων, και εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.
Το όνομα της πόλης δεν είναι γνωστό, αν και πιθανολογείται ότι ήταν Τάρμαρος ή Μίλατος. Η πόλη αυτή έκοβε τα δικά της νομίσματα που απεικόνιζαν στις δύο πλευρές τους την θεά Αθηνά και δύο δελφίνια. Επίσης ήταν αραιά κτισμένη σε έκταση 1 τετραγωνικού χιλιομέτρου, με συνοικίες κτισμένες γύρω από το ανάκτορο. Το πρώτο ανάκτορο κτίστηκε περίπου το 1900πΧ καταλαμβάνοντας έκταση 8800τμ., αλλά καταστράφηκε το 1700πΧ για να ξανακτιστεί. Το ανάκτορο ήταν διώροφο με μια κεντρική αυλή με μακρόστενο σχήμα και τέσσερις πτέρυγες. Το σπουδαιότερο τμήμα του ήταν η δυτική του πλευρά. Κι εδώ βρέθηκαν αποθήκες με πολλά αγγεία και πιθάρια, βασιλικά δωμάτια, εργαστήρια τεχνιτών, αίθουσα όπλων (όπου βρέθηκε το περίφημο βασιλικό σκήπτρο) και βωμός. Το ανάκτορο καταστράφηκε ξανά το 1450πΧ, είτε από σεισμό, είτε από εχθρική επίθεση.