Παλαιοχριστιανική Βασιλική Αγιάς
Ο σημερινός μικρός ναός της Παναγίας της Κοιμήσεως της Θεοτόκου στην Αγιά Κυδωνίας αποτελεί ένα μόνο τμήμα από τη μεγάλη ερειπωμένη Παλαιοχριστιανική βασιλική του 5ου αιώνα. Η βασιλική μετασκευάσθηκε τον 10ο-11ο αιώνα, μετά από καταστροφή που πιθανώς υπέστη από τους Άραβες, και στέγασε τον κεντρικό ναό της Επισκοπής Κυδωνίας όταν και μετονομάστηκε σε Επισκοπή Αγιάς. Επεμβάσεις έγιναν κατά την πρώιμη Ενετοκρατία, λίγο πριν η έδρα του λατίνου επισκόπου μεταφερθεί οριστικά στα Χανιά.
Ο αρχικός ναός σώζεται σε ερειπιώδη κατάσταση σε αρκετά μεγάλο ύψος και με τη στέγη να έχει βέβαια καταρρεύσει. Η αρχικά ξυλόστεγη βασιλική ήταν τρίκλιτη με ένα εγκάρσιο κλίτος (σε σχήμα Τ). Στο μεσαίο κλίτος εξείχε η ημικυλινδρική αψίδα του ιερού βήματος με τα λείψανα του τρίλοβου παραθύρου να σώζονται. Τα κλίτη χωρίζονται από κιονοστοιχίες από πορφυρίτη και γκρίζου γρανίτη. Από την αρχική φάση διασώζονται κάποια μαρμάρινα αρχιτεκτονικά μέλη (π.χ. κιονίσκοι παραθύρων, κιονόκρανο).
Κατά τη Βυζαντινή περίοδο το εγκάρσιο κλίτος εγκαταλείφθηκε και ο ναός μετατράπηκε σε απλό τρίκλιτο, με την προσθήκη ημικυκλικών αψίδων στα δύο πλαϊνά κλίτη. Η στέγαση των κλιτών έγινε με σταυροθόλια, από τα οποία το βορειοδυτικό μετατράπηκε στο παρεκκλήσι της Κοιμήσως της Θεοτόκου που βλέπουμε σήμερα. Ο ναός τοιχογραφήθηκε σε αυτή τη φάση, όπως μπορούμε να διακρίνουμε από τις κατεστραμμένες μορφές αγίων. Κατά τον 13ο αιώνα ο ναός ανοικοδομήθηκε εκ νέου.
