Η επαρχία της Ιεράπετρας φιλοξένησε έναν μεγάλο αριθμό μονών που δεν λειτουργούν σήμερα, κυρίως στις ορεινές περιοχές της Δίκτης κοντά στα σύνορα με την επαρχία της Βιάννου αλλά και στη οροσειρά της Θρυπτής.
Μονή Μεταμορφώσεως του Σωτήρος στην Ψάθη 
Πάνω στον κεντρικό δρόμο που οδηγεί από το Κουτσουνάρι στο χωριό του Αγίου Ιωάννη της επαρχίας Ιεράπετρας συναντάμε μια πινακίδα προς τη Μονή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος στην Ψάθη. Από εκεί ένας κακός χωματόδρομος μας οδηγεί στην τοποθεσία που ήταν κτισμένο το μικρό αυτό μοναστήρι, γνωστό κι ως Παλεκκλησιά.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στην Άνω Σύμη της Ιεράπετρας. Η εκκλησία με τις υπέροχες τοιχογραφίες του Μανουήλ Φωκά (1453) ήταν αρχικά μονόχωρη και προστέθηκε αργότερα εγκάρσιος νάρθηκας.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στην Ιεράπετρα είναι ο σημαντικότερος της πόλης και ο Άγιος Γεώργιος είναι πολιούχος της. Ο ναός είναι τρίκλιτος με τρούλο πάνω σε ψηλό τύμπανο και ακολουθεί τα αρχιτεκτονικά πρότυπα της Τουρκοκρατίας και θυμίζει αρκετά τον Άγιο Τίτο στο Ηράκλειο.
Ο δίκλιτος ναός του Αφέντη Χριστού και του Αγίου Χαραλάμπους βρίσκεται στη συνοικία της Κάτω Μεράς, στο λιμάνι της Ιεράπετρας και πολύ κοντά στο φρούριο Καλές. Είναι ο αρχαιότερος ναός της πόλης, ο οποίος έχει διαμορφωθεί στη σημερινή του μορφή ως αποτέλεσμα διαδοχικών επεμβάσεων.
Ο μικρός μονόχωρος και καμαροσκέπαστος ναός του Αγίου Στεφάνου βρίσκεται μέσα στο σχεδόν έρημο χωριό Μοναστηράκι της επαρχίας Ιεράπετρας, δίπλα σε σημείο που πηγάζει νερό από το βουνό της Θρυπτής. Ο αρχικός ναός έφερε τοιχογραφικό διάκοσμο, από τον οποίο διατηρείται η κόγχη του ιερού βήματος.
Ο Βυζαντινός ναός της Αγίας Άννας βρίσκεται λίγα μέτρα δυτικά του οικισμού της Θρυπτής και ακριβώς πάνω από την αρχή του ρέματος που σχηματίζει το επιβλητικό φαράγγι του Χα. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος και είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Αγίας Άννας (εορτ. 25 Ιουλίου).
Ο ναός της Παναγίας στο Ψυχρό Ιεράπετρας είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου (εορτ. 15 Αυγούστου) κι αναφέρεται στην Ενετική απογραφή μονών και ναών του 17ου αιώνα. Ανήκει στην ενορία του Αγίου Ιωάννη Ιεράπετρας και κάθε χρόνο γίνεται μεγάλο πανηγύρι.
Το σχεδόν έρημο χωριό Μεταξοχώρι της επαρχίας Βιάννου και νυν Δήμου Ιεράπετρας παίρνει το όνομά του προς τιμήν του Μελέτιου Μεταξάκη, Οικουμενικού Πατριάρχη τα έτη (1921-1923), ο οποίος γεννήθηκε εδώ. Εδώ ξεχωρίζουν οι ναοί του Αγίου Γεωργίου και ο μισογκρεμισμένος κοιμητηριακός ναός της Παναγίας (Εισόδια της Θεοτόκου).
