Η επαρχία Ρεθύμνου εξακολουθεί να φιλοξενεί μεγάλο αριθμό μοναστηριών και ανενεργών μονών, που ήκμασαν κυρίως την Ενετική Περίοδο, δηλαδή πριν την άλωση του Ρεθύμνου το 1646 από τους Οθωμανούς. Η περιοχή κοντά στην πόλη αποτέλεσε ένα πλούσιο θρησκευτικό χώρο.
Ναός Παναγίας στις Σαϊτούρες 
Ο ναός της Παναγίας στις Σαϊτούρες είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Θεοτόκου και είναι κτισμένος στην είσοδο του σημερινού χωριού. Φέρει τοιχογραφίες του 13ου-14ου αιώνα, ανάμεσα στις οποίες ξεχωρίζουν αναπαραστάσεις με κολασμένους. Η εικονογράφηση πρέπει να έγινε από ντόπιο καλλιτέχνη, όπως δείχνει ο επαρχιακός τύπος τοιχογραφιών.
Στο προάστιο Τρία Μοναστήρια του Ρεθύμνου, ακριβώς απέναντι από την είσοδο του Δημοτικού Κοιμητηρίου της πόλης, βλέπουμε ένα ερειπωμένο πετρόκτιστο κτίριο με μια μικρή εκκλησία στη σκεπή του, μέσα σε έναν όμορφο ελαιώνα.
Η μονή Χαλεβή βρίσκεται περίπου 12km νότια του Ρεθύμνου, στο δρόμο προς το Χρωμοναστήρι. Είναι ακόμη ένα Ενετικό μοναστήρι της Κρήτης, το οποίο είναι ερειπωμένο και αξίζει να αναστηλωθεί.
Ο Άγιος Ευτύχιος αποτελεί ένα από τους αρχαιότερους ναούς σε ολόκληρη την Κρήτη και είναι κόσμημα για την ευρύτερη περιοχή. Ο ναός πρόσφατα έτυχε συντήρησης από την αρχαιολογική υπηρεσία και σήμερα είναι ανοικτός στο κοινό. Ο ναός κτίστηκε στην Μεσοβυζαντινή περίοδο αλλά υπήρχε ήδη κτίσμα στον χώρο του ναού ήδη από τον 3ο μ.Χ. αιώνα τμήματα του οποίου ενσωμάτωσε αργότερα ο ναός.
Ο ναός της Παναγίας της Κεράς του 11ου αιώνα βρίσκεται σε πανοραμική θέση νότια του Χρωμοναστηρίου και είναι σταυροειδής με τρούλο με δυο κόγχες στα πλάγια. Στα νότιά του υπάρχει μονόχωρο παρεκκλήσι του 15ου αιώνα αφιερωμένο στην Αγία Άννα.
Ο δίκλιτος ναός της Παναγίας της Κατωχωριανής ή Λεβαδιώτισσας στα Ρούστικα είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου και στην Μεταμόρφωση του Σωτήρος. Ιδρύθηκε πιθανόν τον 12ο αιώνα ως μονόκλιτος ναός της Παναγίας και σ’ αυτόν προσαρτήθηκε δεύτερο κλίτος και κωδωνοστάσιο το 1627.
Λίγο πιο νότια του μικρού χωριού Αγία Παρασκευή Ρεθύμνου συναντάμε τον ομώνυμο ναό της Αγίας Παρασκευής που δίνει και την ονομασία στο χωριό. Ο ναός βρίσκεται μια ρεματιά πνιγμένη σε δάσος από πλατάνια και άλλα δέντρα ενώ δίπλα από το ναό υπάρχει και πηγή νερού.
Ένας από τους πιο άγνωστους και πιο όμορφους ταυτόχρονα είναι ο Άγιος Αντώνιος στα Ρούστικα Ρεθύμνου. Χτισμένος στην καρδιά του κυπαρισσόδασους που περιβάλλει το Ρουστικιανό φαράγγι και κρυμμένος στην οργιώδη βλάστηση κρατά καλά κρυμμένα τα μυστικά του.
