Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης προσφέρει μια σύνθετη εικόνα της ιστορίας και της τέχνης της Κρήτης από τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους ως τον 20ο αιώνα, ενώ οι περιοδικές του εκθέσεις κινούνται από τη Βυζαντινή ως τη σύγχρονη τέχνη, την ανάδειξη κορυφαίων λογοτεχνικών μορφών της Ελλάδας και την παρουσίαση μεγάλων ιστορικών γεγονότων. Ο επισκέπτης που επιθυμεί να γνωρίσει εις βάθος την κρητική ιστορία, μπορεί να επισκεφθεί το Ιστορικό Αρχείο Κρήτης στα Χανιά με 170 αρχειακές συλλογές. Στα Χανιά στεγάζεται και το δεύτερο σημαντικότερο Ναυτικό Μουσείο της Ελλάδας, που έχει σκοπό τη διαφύλαξη της μεγάλης ναυτικής παράδοσης της Κρήτης. Σπουδαία είναι και τα Βυζαντινά Μουσεία Ηρακλείου, Χανίων και Ρεθύμνου.
Αξιόλογες είναι και οι συλλογές πολεμικού και αρχειακού υλικού, που έχουν σκοπό τη διατήρηση της μνήμης για τον αντιστασιακό αγώνα των Κρητικών, από την Οθωμανική Εποχή ως και την περίοδο του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου. Οι σπουδαιότερες από αυτές είναι το Στρατιωτικό Μουσείο Ρεθύμνου στο Χρωμοναστήρι, το Ιστορικό Μουσείο Βοριζίων, το Μουσείο Εθνικής Αντίστασης Θερίσου, το μουσείο Μπαντουβά στο Ηράκλειο, το μουσείο Κεραμειών, του Αναγνώστη Σκαλίδη στα Περβόλια Κισσάμου και τα Πολεμικά μουσεία Ασκύφου και Αργυράκη. Εξίσου σημαντική είναι και η ανάδειξη ιστορικών σημείων ως μουσειακών τόπων μνήμης, ανάμεσά τους οι Γερμανικές Στοές στον Πλατανιά και η Στοά Μακάσι στα Τείχη του Ηρακλείου που λειτουργούσε ως χώρος κράτησης ομήρων και συλληφθέντων.
Πολεμικό Μουσείο Ασκύφου 
Το ιδιωτικό μουσείο ανήκει στον Γεώργιο Χατζηδάκη ο οποίος βίωσε με δραματικό τρόπο τη Γερμανική Κατοχή. Με το τέλος του πολέμου ξεκίνησε να μαζεύει με πάθος κάθε απομεινάρι της μάχης για να καταφέρει να διατηρήσει ζωντανές τις μνήμες της περιόδου αυτής.
Η συλλογή του Στρατιωτικού Μουσείου Ρεθύμνου βρίσκεται στο Χρωμοναστήρι και περιλαμβάνει στρατιωτικές στολές, όπλα διαφόρων εποχών, παράσημα, ιστορικά κειμήλια από το 1821 και μετά, έκθεση για το Μακεδονικό Αγώνα, βιβλιοθήκη και αίθουσες συνεδριάσεων.
Ένα ζωντανό μουσείο ιστορικής μνήμης που αξίζει να δει κανείς και πραγματικής καταγραφής των βασάνων που τράβηξε ο Ελληνικός λαός κατά τη διάρκεια της Γερμανικής Κατοχής, είναι το καταφύγιο στον Πλατανιά.
Οι Μουρνιές είναι η γενέτειρα του Ελευθερίου Βενιζέλου και εκεί σώζεται το σπίτι που γεννήθηκε, το οποίο σήμερα λειτουργεί ως μουσείο. Ο επισκέπτης μπορεί να δει την παιδική κούνια του Βενιζέλου, η οποία διατηρείται, καθώς και πλούσιο φωτογραφικό υλικό με χαρακτηριστικά στιγμιότυπα από την προσωπική και πολιτική του πορεία.
Το πατρικό του Ελευθερίου Βενιζέλου στη Χαλέπα Χανίων αποτέλεσε τη στέγη της ζωής του επί 30 και πλέον χρόνια, από το 1880 μέχρι το 1910 και αργότερα κατά διαστήματα από το 1927 μέχρι το 1935.
Ένας από τους μαρτυρικούς τόπους είναι και τα Περβόλια των Εννιά Χωριών Κισάμου, από όπου κατάγεται και είχε το Αρχηγείο του ο οπλαρχηγός Αναγνώστης Σκαλίδης, ο οποίος δικαίως ονομάσθηκε ο Καραϊσκάκης της Κρήτης.
Το μουσείο είναι ένα από τα δύο μουσεία κέρινων ομοιωμάτων που υπάρχουν στην Ελλάδα και είναι μια ιδιωτική πρωτοβουλία του γλύπτη Διονύση Ποταμιάνου. Βρίσκεται στα Ζωνιανά Μυλοποτάμου, στους βόρειους πρόποδες του Ψηλορείτη.
Στο χωριό Έξω Λακώνια από το 2005 λειτουργεί μια εξαιρετική έκθεση κλασικών οχημάτων με πάνω από 110 ιστορικά οχήματα ιδιαίτερου συλλεκτικού ενδιαφέροντος από όλη την Κρήτη. Στο χώρο του Παγκρήτιου Συλλόγου Οχημάτων Εποχής λειτουργεί και μόνιμη έκθεση παλιάς φωτογραφίας αυτοκινήτων και μοτοσικλετών.
