Το σημαντικότερο πέρασμα του νομού Ρεθύμνης βρισκόταν στην περιοχή του Αγίου Βασιλείου, από όπου Τούρκοι και Έλληνες μετέβαιναν από τη Μεσαρά στα Σφακιά. Εκεί λοιπόν, κτίστηκαν αρκετοί πύργοι και Κουλέδες. Ένας τέτοιος Κούλες βρισκόταν κοντά στην είσοδο του Κουρταλιώτικου φαραγγιού, στο χωριό Κοξαρέ. Ο πύργος αυτός καταστράφηκε. όχι ολοσχερώς, από τους Επαναστάτες το 1896.
Τα φρούρια που οι Ενετοί ίδρυσαν στην νότια Κρήτη ήταν πολύ λίγα, ίσως επειδή τα παράλια της είναι άκολπα και αλίμενα. Ένα από αυτά πάντως ήταν το φρούριο του Σελίνου στη Παλαιόχωρα. Το φρούριο αυτό είχε κτισθεί στο λαιμό μιας στρογγυλής προεξοχής της στεριάς μέσα στη θάλασσα με στόχο την εδραίωση της ενετικής επικυριαρχίας στην περιοχή, που κατοικείτο από τον ασυμβίβαστο Κρητικό λαό.
Το φρούριο της Βόιλας βρίσκεται 1km μακρυά από το χωριό του Χανδρά, στο πανέμορφο οροπέδιο της Ζήρου. Η Βόιλα ήταν ένα μικρό μεσαιωνικό χωριό, το οποίο έχει ερειπωθεί σήμερα, όπως πολλά χωριά στην περιοχή.
Το φρούριο του Αγίου Νικολάου Κυριακοσελλίων, βρίσκεται στον οικισμό Κυριακοσελλίων της επαρχίας Αποκόρωνα. Είναι Βυζαντινό φρούριο που κτίστηκε από τον φεουδάρχη της περιοχής, για να εξασφαλίσει τα προνόμια του.
Η Μαλάξα είναι μια ολόκληρη ορεινή περιοχή, τα υψώματα της οποίας φράσσουν από τον νότο τον Κάμπο της Κυδωνίας. Είναι μια οχυρή περιοχή που υψώνεται απέναντι από τη Σούδα, η οποία έχει αποτελέσει θέατρο πολεμικών συγκρούσεων μεταξύ των Κρητικών και των εκάστοτε τυράννων τους.
Το φρούριο του Αποκόρωνα είναι ήταν ένα από τα πιο σημαντικά φρούρια του Κόλπου της Σούδας. Το Castel Apicorno ή Bicorna έδωσε το όνομα του σε όλη την επαρχία Αποκορώνου, η οποία ονομάζεται έτσι ακόμη και σήμερα, που το φρούριο δεν υπάρχει.
Στην δυτική πλευρά της εξόδου της Σαμαριάς, πάνω από τη σημερινή Αγία Ρουμέλη, οι Τούρκοι έκτισαν τον Κούλε της Αγίας Ρουμέλης, για να αποκλείσουν τους επαναστάτες που κρύβονταν στο φαράγγι. Ο Κούλες βρίσκεται σε πολύ καλή κατάσταση.