Το Σπήλαιο Γερανίου είναι από τα σημαντικότερα και ομορφότερα σπήλαια του Νομού Ρεθύμνου αλλά και της Κρήτης ολόκληρης. Βρίσκεται 7 χιλιόμετρα δυτικά του Ρεθύμνου, πολύ κοντά στην εθνική οδό και πάνω από την παραλία του Γερανίου που είναι γνωστή ως Παραλία Καμάρι. Αποτελείται από 6 διαφορετικές αίθουσες με πολύ πλούσιο σπηλαιοδιάκοσμο από χιλιάδες σταλακτίτες.
Το σπήλαιο ανακαλύφθηκε τυχαία στις 15 Μαρτίου 1969 κατά τη διάρκεια κατασκευής δρόμου. Η σημερινή είσοδος δεν είναι η αρχική, αλλά ανοίχθηκε από τα εκρητικά που χρησιμοποιήθηκαν για τη διάνοιξη της οδού. Η αρχική είσοδος εντοπίστηκε αργότερα, κατά τη διάρκεια της ανασκαφής καθώς είχε κλειστεί από βράχους πριν από το τέλος της ύστερης Νεολιθικής περιόδου.
Γι΄αυτό το λόγο, αντίθετα με άλλα σπήλαια στην Κρήτη, η τελική και η μεταβατική Νεολιθική περίοδος, όπως και η Μινωική, δεν εκπροσωπούνται μέσα στο σπήλαιο. Επειδή το σπήλαιο ήταν σφραγισμένο, η στρωματογραφία της πρώιμης Νεολιθικής ΙΙ, της μέσης Νεολιθικής και της ύστερης Νεολιθικής περιόδου ήταν εξαιρετικές. Εντοπίστηκαν 3 ανθρώπινοι σκελετοί που ίσως παγιδεύτηκαν μετά την κατάρρευση της εισόδου, αλλά και εργαλεία της νεολιθικής εποχής. Επίσης εντοπίστηκε παλαιοντολογικό υλικό που ανήκει σε δεκάδες ελάφια του Πλειστόκαινου.