Το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν βρίσκεται σχεδόν στο κέντρο της επιβλητικής Φορτέτσας στο Ρέθυμνο. Το κτίριο κτίστηκε το 1583, δηλαδή κατά την Ενετοκρατία, και λειτούργησε ως χριστιανικός ναός αφιερωμένος στον Άγιο Νικόλαο. Ήδη ο καθεδρικός ναός της πόλης είχε καταστραφεί από επιδρομή το 1571 και γι' αυτό αποφασίστηκε από τους Ενετούς η μεταφορά της λατρείας του σε ασφαλές σημείο, μέσα στο κάστρο της Φορτέτσας. Φαίνεται ωστόσο ότι δεν αποτέλεσε τον κεντρικό ναό της πόλης, λόγω έλλειψης χώρου.
Μετά την κατάληψη της πόλης το 1646 από τους Οθωμανούς, ο ναός του Αγίου Νικολάου μετατράπηκε σε τέμενος αφιερωμένο στο σουλτάνο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας Ιμπραήμ Χαν (Ιμπραήμ Α'). Τότε προστέθηκε ο μεγάλος θόλος διαμέτρου 11μ, που κάνει το κτίριο να ξεχωρίζει από όλα τα υπόλοιπα κτίρια μέσα στο φρούριο.
Το κτίριο έχει τετράγωνη κάτοψη με σφαιρικά τρίγωνα στις γωνίες που σχηματίζονται από τα τόξα που υπάρχουν στους τέσσερις τοίχους του. Πάνω από την είσοδο υπάρχει ανακουφιστικό τόξο, ενώ η κόγχη του μιχράμπ διακοσμείται με ανάγλυφα σχέδια. Εξωτερικά σώζεται η βάση του γκρεμισμένου μιναρέ.
Τα υπερπολύτιμα νερά της βροχής για ένα κάστρο συγκεντρώνονταν σε μεγάλη δεξαμενή δίπλα στο τζαμί, καλύπτοντας τις ανάγκες για νερό στις δύσκολες περιόδους πολιορκίας.