Στο ανατολικότερο σημείο της νήσου Χρυσής και στη νότια πλευρά του νησιού σχηματίζεται η μεγάλη παραλία Βάγκες. Οι Βάγκες έχουν γενικά βραχώδη βυθό, εκτός από το ανατολικό άκρο όπου υπάρχει άμμος. Στο σημείο αυτό πολλές φορές αγκυροβολούν φουσκωτά σκάφη καθώς είναι απάνεμο και ιδανικό για απομόνωση.
Η μικρή λίμνη της Καταλυκής (Κάτω Αλυκής) βρίσκεται δίπλα στην παραλία του Κόκκινου Πύργου, περίπου 2 χλμ δυτικά του Τυμπακίου. Ο υγρότοπος παλαιότερα αποτελούσε ενιαίο υδροβιότοπο με το δέλτα του Γεροποτάμου, αλλά οι δρόμοι, η μείωση του νερού και η χρήση γης από το αεροδρόμιο Τυμπακίου, την έχουν αποκόψει από το κυρίως δέλτα.
Η Ελληνική χελώνα (επιστ. Testudo graeca) είναι ένα είδος χερσαίας χελώνας, το οποίο έχει εισαχθεί στο νησί της Κρήτης από τον άνθρωπο και έχει επιζήσει με αξιοσημείωτη ευκολία. Απαντάται κοντά στους υδροβιότοπους του νησιού και σε σκιερά υγρά δάση.
Το Σπήλαιο βρίσκεται βόρεια του Αθερινόλακου, στη περιοχή Φοβολιές, όπου έχει βρεθεί μινωικός οικισμός. Είναι μικρό σπήλαιο κι εύκολα προσβάσιμο.
Η Κρητική Καμπανούλα (Campanula Cretica) αποτελεί ένα από τα πιο όμορφα αγριολούλουδα της Κρήτης και ταυτόχρονα είναι ένα και από τα πιο σπάνια και απειλούμενα με εξαφάνιση ενδημικά φυτά που υπάρχουν στο νησί. Ανήκει όπως και όλες οι καμπανούλες στην οικογένεια των Κωδωνιοειδών. Παρά γεγονός ότι σε ολόκληρη την Ελλάδα φύονται 70 ήδη καμπανούλας, η συγκεκριμένη απαντάται μονάχα σε μια μικρή μονάχα γεωγραφική περιοχή των Λευκών Ορέων με επίκεντρο το φαράγγι της Σαμαριάς και πουθενά αλλού στον κόσμο.
Το σπήλαιο του Πετσή ή Μεταξάρη βρίσκεται στην περιοχή Καραβότοπος, κοντά στην παραλία Κουτάλης, στην περιφέρεια του Κόκκινου Χωριού Αποκορώνου. Το σπήλαιο έχει πολύ πλούσιο σπηλαιοδιάκοσμο και έχει μήκος περίπου 100 μέτρων, όντας ένα από τα σπουδαιότερα της περιοχής (που έχει πάρα πολλά). Το εσωτερικό του έχει πολύ άργιλο με αποτέλεσμα να γλιστράει πολύ.
Η ταρέντολα (επιστ. Tarentola mauritanica) είναι ένα μικρόσωμο είδος σαύρας που φτάνει σε συνολικό μήκος τα 16cm και απαντάται και στο νησί της Κρήτης. Άλλα κοινά ονόματα για την ταρέντολα είναι Μαυριτανικό σαμιαμίδι ή λυσαντήρι. Επίσης κάποιοι το ονομάζουν σαμιαμίδι, λανθασμένα, καθώς πρόκειται για άλλο είδος (δείτε παρακάτω).
Η μεγαλύτερη παραλία της νήσου Χρυσής είναι ο Χατζηβόλακας που εκτείνεται δυτικά της κεντρικής παραλίας της Μπελεγρίνας. Η παραλία έχει κυρίως βραχώδη βυθό και είναι ιδανική για απομόνωση καθώς οι περισσότεροι επισκέπτες του νησιού περιορίζονται στην Μπελεγρίνα.