Το σπήλαιο του Χωστού νερού βρίσκεται στην περιοχή Σελιά του Γιούχτα κοντά στο δρόμο που οδηγεί στην κορυφή του Αφέντη Χριστού. Βρίσκεται σε υψόμετρο περίπου 720μ. στη νοτιότερη κορφή του ιερού βουνού και για να μπορέσει να το δει κανείς πρέπει να μπει έρποντας.
Κοντά στην Αγία Βαρβάρα, στην τοποθεσία Πλακωτά Χαράκια, συναντάμε μερικούς πολύ ιδιαίτερους βραχώδεις σχηματισμούς, που θυμίζουν στρογγυλές πίτες ή χάμπουργκερ. Μάλιστα οι ντόπιοι τις ονομάζουν Της Γριάς οι Πίτες ή Της Γριάς τα Τυριά.
Πρόκειται για μία ολόκληρη πλαγιά βουνού με εντυπωσιακά βράχια με απίστευτες βραχογλυφές στην επιφάνειά τους και απίθανα σχήματα. Είναι εξαιρετικά αιχμηρά και ορθώνονται σαν μετέωρα ψηλά στον ουρανό. Ανάμεσά τους σχηματίζονται διάδρομοι που αφήνουν χώρο για περπάτημα αλλά και για λίγο έδαφος όπου φυτρώνουν λιγοστοί θάμνοι και δέντρα.
Η Χρυσή μπορεί να θεωρηθεί ως παράδεισος για τους λάτρεις των απολιθωμάτων και της γεωλογίας. Ένα από τα πιο εντυπωσιακά γεωλογικά αξιοθέατα του νησιού μπορείτε να δείτε ανατολικά της παραλίας Μπελεγρίνας όπου θα συναντήσετε χιλιάδες απολιθωμένα δίθυρα. Τα απολιθώματα αποτελούν μια λεγόμενη θανατοκοινωνία, δηλαδή νεκρά κοχύλια που συγκεντρώθηκαν εκεί ίσως από τα ρεύματα.
Η έρημος του Κουφονησίου είναι ένα πραγματικά αξιοπερίεργο φαινόμενο που συναντάται στο νησί πάνω και σε κανένα άλλο σημείο ολόκληρης της Ελλάδας. Και όταν μιλάμε για έρημο δεν εννοούμε τους αμμόλοφους που καλύπτουν ένα μεγάλο τμήμα της παραλιακής του ζώνης αλλά ένα σημείο στην ενδοχώρα του που δε μοιάζει καθόλου με το υπόλοιπο νησί.
Ο Ελληνόσπηλιος βρίσκεται βόρεια των Αφράτων στη θέση Ποτιστήρια και η πρόσβαση του είναι περισσότερο εύκολη από τη θάλασσα, λίγες εκατοντάδες μέτρα από την ακτή του Χαλικιά όπου φτάνει και αμαξωτός δρόμος. Από εκεί με πεζοπορία φτάνουμε στο σπήλαιο σε λιγότερο από μισή ώρα.
Κοντά στα Σκινάρια, στο δρόμο που οδηγεί για την παραλία, θα δείτε μια περίεργη σπηλιά στα αριστερά σας με κυλινδρικό σχήμα, που διαπερνάει έναν βράχο. Η σπηλιά λέγεται Τρυπητή και μέσα φωλιάζουν περιστέρια..
Βρίσκεται 25 χλμ δυτικά του Ηρακλείου πριν το χωριό Μάραθος, σε υψόμετρο 545μ. μετά από το εγκαταλελειμένο νταμάρι, στην τοποθεσία Αρκαλοκέφαλο. Αν και η είσοδός του έχει άνοιγμα 2,1μ. x 1μ. δεν είναι εύκολα ορατή λόγω της πυκνής βλάστησης που διαθέτει, ενώ το μήκος των διαδρόμων του είναι 153μ.