Η θρησκευτική παράδοση στην επαρχία Κισάμου είναι ακόμη και σήμερα βαθιά ριζωμένη στις καθημερινές συνήθειες των κατοίκων της. Δεκάδες ξωμονάστηρα και απομονωμένα ερημητήρια, έρημα σήμερα, εξιστορούν το μακρινό τους παρελθόν. Ανάμεσα τους ξεχωρίζουν οι μονές των χερσονήσων Ροδωπού και Γραμβούσας.
Ναός Παναγίας στα Ζαχαριανά 
Ο ναός της Παναγίας στα Ζαχαριανά είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου και χρονολογείται από τον 10ο-11ο αιώνα. Έχει πολύ ιδιαίτερη αρχιτεκτονική, με σχήμα ελεύθερου σταυρού με τρούλο. Η συναρμογή του τρούλου με το τύμπανο γίνεται με γωνιακές κόγχες, στοιχείο που αποτελεί σπάνια περίπτωση και ο ναός ανήκει σε ένα από τα τέσσερα παραδείγματα που υπάρχουν στην Κρήτη.
Ο ναός του Αγίου Αθανασίου βρίσκεται λίγο έξω από το Κεφάλι των Εννιά Χωριών της επαρχίας Κισάμου. Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός περιβάλεται από όμορφο πάρκο με πεύκα και εσωτερικά φέρει ενισχυτικό σφενδόνιο.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στο χωριό Κούνενι (σημερινή Βάθη) και ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου. Εσωτερικά ο ναός φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο του 1284 από λαϊκό ζωγράφο που ακολουθεί την παράδοση του 12ου αιώνα.
Ο ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου ή Αστράτηγου βρίσκεται σε αγροτική τοποθεσία πολύ κοντά στο χωριό Κούνενι (σημερινή Βάθη) και ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου. Εσωτερικά ο ναός φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο του Ιωάννη Παγωμένου.
Ο ναός του Σωτήρος Χριστού βρίσκεται στο κοιμητήριο του χωριού Κεφάλι των Εννιά Χωριών Κισάμου και είναι αφιερωμένος στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος (εορτ. 6 Αυγούστου). Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός εξωτερικά έχει αλλοιωθεί από νεότερες επεμβάσεις, αλλά εσωτερικά διασώζει πλούσιο τοιχογραφικό διάκοσμο του 1320, σύμφωνα με την κτητορική επιγραφή.
Πάνω στον κεντρικό δρόμο που οδηγεί από τα Ραβδούχα στην παραλία, συναντάμε τον Βυζαντινό ναό της Αγίας Μαρίνας με μοναδική θέα στη θάλασσα που είναι κτισμένος στην εσοχή βράχου. Ο ναός φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο που έχει υποστεί αρκετές φθορές. Όπως σε πολλά ξωκλήσια της χερσονήσου του Ροδωπού, έτσι κι εδώ παρατηρούμε επιγραφές από τους διάφορους περιηγητές της εποχής.
Λίγο έξω από το χωριό Τσουρουνιανά Κισσάμου (το χωριό των Τσουρουνάκηδων), προς νότια συναντάμε τον ερειπωμένο ναό του Χριστού. Η περιοχή που βρίσκεται ο ναός του Χριστού ονομάζεται Καταλύματα που στο γλωσσικό ιδίωμα της Κρήτης σημαίνει τον τόπο που κάποιοι κάποτε έμεναν. Και όντως στην περιοχή αυτή συναντάμε απομεινάρια ενός αρχαίου οικισμού και σωρούς από πέτρες αλλά και κεραμικά όστρακα από αρχαία αγγεία. Στην περιοχή των Καταλυμάτων υπάρχει και ο επίσης έρημος και κατεστραμμένος σήμερα ναός του Αγίου Δημητρίου.
Η ακατοίκητη σήμερα μονή της Γρας Κεράς στα Δελιανά Κισάμου είναι αφιερωμένη στο Γενέσιο της Θεοτόκου. Το όνομα Γρα Κερά προέρχεται από την Ιερά Κερά (Παναγιά). Η μονή το 1632 έγινε μετόχι της μονής Γωνιάς Οδηγήτριας στο Κολυμπάρι, όπως αναφέρεται σε σχετικό έγγραφο, άρα υπήρχε ήδη.
