Εκτός από το μεγάλο ασκητικό κέντρο των Αστερουσίων Ορέων, η πεδιάδα της Μεσαράς και η Ρίζα του Ψηλορείτη φιλοξένησαν αρκετές μικρές μονές, οι οποίες σήμερα δεν λειτουργούν. Εδώ δε συναντάμε σε μεγάλο βαθμό ερημητήρια σε σπήλαια, σε αντίθεση με τα Αστερούσια, αλλά περισσότερο οργανωμένες κοινότητες.
Ναός Παναγίας Γαλακτούσας Απομαρμά 
Στο μέσο του χωριού Απομαρμάς βρίσκεται ο Βυζαντινός ναός της Παναγίας της Γαλακτούσας που χρονολογείται στον 13ο αιώνα. Σύμφωνα με την παράδοση ο κτήτοράς της είχε τάμα να χρησιμοποιήσει γάλα αντί για νερό στο κονίαμα. Στην πραγματικότητα όμως το όνομα μάλλον συνδέεται με την εικόνα της Παναγίας που θηλάζει το Χριστό.
Ο δίκλιτος ναός της Αγίας Κυριακής αποτελεί έναν από τους παλαιότερους μέσα στον οικισμό του Ζαρού, καθώς το ένα από τα δύο κλίτη χρονολογείται στον 14ο αιώνα και το δεύτερο στον 17ο αιώνα. Ο ναός έχει υποστεί επεμβάσεις σε νεότερη εποχή και δε φέρει στο εσωτερικό του τοιχογραφίες.
Το σχεδόν έρημο σήμερα χωριουδάκι της Παναγίας της επαρχίας Καινουργίου πήρε το όνομά του από το τρίκλιτο Βυζαντινό ναό της Παναγίας, που είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Πιστεύεται ότι ο ναός αρχικά, κατά τον 15ο αιώνα, υπήρξε το κέντρο ενός θρησκευτικού συγκροτήματος, το οποίο στο πέρασμα του χρόνου μετεξελίχθηκε στον οικισμό της Παναγιάς.
Ο ναός της Παναγίας των Αγγέλων βρίσκεται στην αγροτική τοποθεσία Φραδιό, ανάμεσα στα χωριά Ρουφάς και Μορόνι. Ο ναός υπήρξε καθολικό της καθολικής μονής της Παναγίας των Αγγέλων του τάγματος των Φραγκισκανών μοναχών που λειτούργησε κατά τον 15ο αιώνα.
Στην καταπράσινη λαγκαδιά που ήταν κτισμένος ο «εξαφανισμένος» σήμερα οικισμός της Παλιάμας διασώζεται ο εντυπωσιακός δίκλιτος ναός του Αγίου Χαραλάμπους και της Παναγιάς. Ο ναός στο εσωτερικό φέρει αποσπασματικά ίχνη τοιχογραφιών.
Ο εγκαταλελειμένος οικισμός της Απολύχνου που βρίσκεται σε υψόμετρο 220μ, μέσα σε όμορφο φαράγγι με πηγές και πλατάνια. Πάνω από τις πηγές έχει κτιστεί ο Βυζαντινός ναός του Αγίου Παντελεήμονα. Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με οξυκόρυφο θόλο που χρονολογείται στον 14ο αιώνα και οι κάτοικοι της Μεσαράς θεωρούν θαυματουργό.
Το βαπτιστήριο του Αγίου Παύλου βρίσκεται στην είσοδο του χωριού του Αγίου Ιωάννη, κοντά στη Φαιστό. Σύμφωνα με την παράδοση, όταν ο Απόστολος Παύλος ήρθε στην Κρήτη και κατευθύνθηκε προς την τότε πρωτεύουσα του νησιού (Γόρτυνα) πέρασε από το σημείο όπου δίδαξε το λόγο του Ιησού για δύο ημέρες.
Λίγο έξω από το πανέμορφο χωριό Πανασός Ηρακλείου συναντάμε το ξωκκλήσι του Αγίου Ιωάννη του Ριγολόγου. Στον Άη Γιάννη μας οδηγεί ένας πρόχειρος χωματόδρομος διασχίζοντας μια περιοχή με αρχαίες ελιές και περίεργα βράχια γεμάτα λαξεύματα και σκαλίσματα από την αρχαιότητα.
