Ο δίκλιτος ναός του Αγίου Νικολάου και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο χωριό Ελένες. Το κλίτος του Αγίου Νικολάου φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες που χρονολογούνται στον 13ο αιώνα, ενώ υπάρχει επιγραφή με χρονολογία του 1609. Το κλίτος της Αγίας Άννας φέρει σύγχρονες τοιχογραφίες.
Η Παλαιοχριστιανική Βασιλική Βυζαρίου, γνωστή στους ντόπιους ως Ρημοκκλησά, ανασκάφτηκε το 1956 από τον Κ. Καλοκύρη. Ήταν τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική διαστάσεων 34μ.x 17μ.. Ο ναός που είχε δάπεδο από πήλινες πλάκες κτίστηκε τον 6ο αιώνα και ανακατασκευάστηκε τον 7ο-8ο αιώνα, αλλά καταστράφηκε πιθανότατα το 824 από τις επιδρομές των Αράβων.
Ο ναός της Παναγίας της Κρυονερίτισσας βρίσκεται σε υψόμετρο περίπου 1100μ στο όρος Κέδρος και υπάγεται στην ενορία των Βρυσών Αμαρίου. Παίρνει το όνομά της από κοντινή πηγή. Είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός αφιερωμένος στη Ζωοδόχο Πηγή και φέρει εντυπωσιακές ανάγλυφες παραστάσεις στις πελεκημένες πέτρες της εισόδου.
Ο ναός της Παναγίας στην Πετράιδα ή Πετράδια ήταν καθολικό μονής που λειτούργησε τον 16ο αιώνα, πιθανώς ως μετόχι της μονής Ασωμάτων, από τον μοναχό Θεόφιλο Βαρούχα. Το μόνο σωζόμενο στοιχείο για τη μονή βρίσκεται στο υπέρθυρο της εισόδου, όπου αναγράφεται η ημερομηνία του 1843 και το όνομα του μοναχού Ιωσήφ που ήταν ηγούμενος ως το 1860.
Ο κοιμητηριακός ναός του Αγίου Ονουφρίου βρίσκεται σε κοντινή απόσταση από το χωριό Γέννα Αμαρίου. Φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε σχετικά καλή κατάσταση, ενώ το τέμπλο είναι πέτρινο. Η πρόσβαση γίνεται μέσω βατού τσιμεντόδρομου.
Στο κέντρο του χωριού Οψιγιάς βρίσκουμε τον κοιμητηριακό ναό του Αγίου Γεωργίου που έχει ένα πολύ ενδιαφέρον θύρωμα. Ο ναός που χρονολογείται στον 15ο αιώνα φέρει ίχνη τοιχογραφιών.
Ο ναός της Παναγίας στα Πλατάνια Αμαρίου βρίσκεται στο κέντρο του χωριού και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με ημικυλινδρική αψίδα. Είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου και εορτάζει το Δεκαπενταύγουστο. Ο ναός χρονολογείται στον 13ο - 14ο αιώνα και φέρει στο εσωτερικό του τοιχογραφίες της ίδιας περιόδου.
Ο ναός της Παναγίας Καρδιώτισσας βρίσκεται στην τοποθεσία Λειβάδα ή Αρκολιώ, νότια του Φουρφουρά και αποτέλεσε μικρή γυναικεία μονή. Σήμερα σώζεται το καθολικό που είναι αφιερωμένο στη Γένεση της Θεοτόκου, ενώ υπάρχουν ίχνη κι από τα κελιά. Το εσωτερικό του ναού φέρει ίχνη τοιχογραφιών του 15ου αιώνα, από τις οποίες ξεχωρίζει ο Άγιος Γεώργιος και η Δευτέρα Παρουσία.