Παλαιοχριστιανική Βασιλική στο Βυζάρι (Ρημοκκλησά) 
Η Παλαιοχριστιανική Βασιλική Βυζαρίου, γνωστή στους ντόπιους ως Ρημοκκλησά, ανασκάφτηκε το 1956 από τον Κ. Καλοκύρη. Ήταν τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική διαστάσεων 34μ.x 17μ.. Ο ναός που είχε δάπεδο από πήλινες πλάκες κτίστηκε τον 6ο αιώνα και ανακατασκευάστηκε τον 7ο-8ο αιώνα, αλλά καταστράφηκε πιθανότατα το 824 από τις επιδρομές των Αράβων.
Ο δίκλιτος ναός του Αγίου Νικολάου και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο χωριό Ελένες. Το κλίτος του Αγίου Νικολάου φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες που χρονολογούνται στον 13ο αιώνα, ενώ υπάρχει επιγραφή με χρονολογία του 1609. Το κλίτος της Αγίας Άννας φέρει σύγχρονες τοιχογραφίες.
Ο ναός της Παναγίας στο χωριό Θρόνος Αμαρίου είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που κατασκευάστηκε γύρω στο 1300. Κτίστηκε πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής Βασιλικής (πιθανώς της Επισκοπής Σιβρύτου) του 4ου αιώνα από την οποία σώζονται τα μωσαϊκά δάπεδα. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14-15ου αιώνα, ενώ υπάρχει επιγραφή του 1491.
Ο κοιμητηριακός ναός του Καλόγερου Αμαρίου είναι αφιερωμένος στην Αγία Μαρίνα και φέρει τοιχογραφίες του 1225. Παρατηρήστε τα φωτοστέφανα σε μερικές που είναι σκαλιστά στον τοίχο.
Ο ναός της Αγίας Παρασκευής αποτελεί μετόχι της μονής Ασωμάτων και είναι μικρός σταυροειδής ναός. Σώζεται αρκοσόλιο (ταφικό μνημείο) και μια μόνο τοιχογραφία του Χριστού που ευλογεί τους κτήτορες.
Ο κοιμητηριακός ναός του Αγίου Ονουφρίου βρίσκεται σε κοντινή απόσταση από το χωριό Γέννα Αμαρίου. Φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε σχετικά καλή κατάσταση, ενώ το τέμπλο είναι πέτρινο. Η πρόσβαση γίνεται μέσω βατού τσιμεντόδρομου.
Το χωριό Απόστολοι στην Επαρχία Αμαρίου φιλοξενεί πολλές εκκλησίες, από τις οποίες σπουδαιότερη είναι ο ναός του Αγίου Νικολάου στο κοιμητήριο του χωριού. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος, χρονολογείται στον 14ο αιώνα και φέρει τοιχογραφίες σε κακή κατάσταση. Είναι χαρακτηριστικό ότι σχεδόν πάρα πολλά χωριά του Αμαρίου έχουν μια πολύ παλιά εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Νικόλαο.
Ο ερειπωμένος ναός της Παναγίας στο χωριό Πατσός Αμαρίου είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Παναγίας. Η μεγαλοπρέπεια του οικοδομήματος και η υψηλή ποιότητα των υλικών κατασκευής και των σωζώμενων τοιχογραφιών, κατατάσσουν το ναό στους σημαντικότερους της Κρήτης.
