Κοντά στο φράγμα Ποταμών Αμαρίου και νότια από τα Χάρκια, σε μια τοποθεσία κατάφυτη από πλατάνια και άλλα δέντρα υπάρχει το έρημο σήμερα ξωμονάστερο της Παναγίας της Ελεούσας, αφιερωμένο στη Ζωοδόχο Πηγή. Στο σημείο το ναού μας οδηγεί πινακίδα από τον κεντρικό δρόμο που περιβάλει το φράγμα. Στη μονή υπάρχει ένα κτίσμα και το μικρό εκκλησάκι που ανάγεται στην Ενετοκρατία και φέρει ίχνη από τοιχογραφίες.
Το έρημο σήμερα χωριό Σπαθαρικά, που ήταν υφαντικό κέντρο της περιοχής, βρίσκεται ανατολικά από τους Αποστόλους Αμαρίου και είχε ως κεντρικό ναό του τον Άγιο Σπυρίδωνα. Ο ναός αυτός, σε αντίθεση με τα κτίρια του χωριού που έχουν καταρρεύσει, σώζεται και φέρει τοιχογραφίες του 15ου αιώνα σε μέτρια κατάσταση.
Ο ναός της Παναγίας στην Πετράιδα ή Πετράδια ήταν καθολικό μονής που λειτούργησε τον 16ο αιώνα, πιθανώς ως μετόχι της μονής Ασωμάτων, από τον μοναχό Θεόφιλο Βαρούχα. Το μόνο σωζόμενο στοιχείο για τη μονή βρίσκεται στο υπέρθυρο της εισόδου, όπου αναγράφεται η ημερομηνία του 1843 και το όνομα του μοναχού Ιωσήφ που ήταν ηγούμενος ως το 1860.
Ο πανέμορφος ναός της Παναγίας Κεράς στο Αμάρι είναι κρυμμένος ανάμεσα σε ελαιώνες της περιοχής. Ο τρίκλιτος ναός του 15ου αιώνα είναι κτισμένος στη θέση κατεστραμμένου σταυροειδούς ναού με τρούλο του 13ου αιώνα, που με τη σειρά του πιστεύεται ότι ήταν κτισμένος στη θέση ναού του Απόλλωνα.
Ο ναός της Αγίας Άννας κοντά στον Οψιγιά είναι δίκλιτος ναός (αρχικά μονόχωρος στον οποίο προστέθηκε δεύτερο κλίτος). Ο βόρειος τοίχος κατέρρευσε τον 13ο αιώνα και ξανακτίστηκε με δυτικές επιρροές. Αναστηλώθηκε το 1960.
Στο κέντρο του χωριού Οψιγιάς βρίσκουμε τον κοιμητηριακό ναό του Αγίου Γεωργίου που έχει ένα πολύ ενδιαφέρον θύρωμα. Ο ναός που χρονολογείται στον 15ο αιώνα φέρει ίχνη τοιχογραφιών.
Στον κοιμητηριακό ναό του χωριού Νευς Αμάρι στην επαρχία Αμαρίου βρίσκεται ο μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός των Ταξιαρχών. Ο ναός χρονολογείται στην Ενετοκρατία και πάνω από την είσοδο, εξωτερικά, σώζεται συστοιχία πινακίων (στρογγυλά διακοσμητικά κεραμικά) σε σχήμα σταυρού.
Η επαρχία Αμαρίου έχει έναν πραγματικά πολύ μεγάλο αριθμό εκκλησιών που είναι αφιερωμένες στον Άγιο Νικόλαο, καθώς σχεδόν κάθε χωριό έχει και μια. Μέσα στον οικιστικό ιστό του χωριού Νευς Αμάρι βρίσκεται ακόμη ένας μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός του Αγίου Νικολάου.