Το Μουσείο Εικαστικών Τεχνών στο Ηράκλειο είναι ένα ιδιωτικό μουσείο τέχνης. Ιδρύθηκε το Μάϊο του έτους 2000 από τον K. Σχιζάκη. Οι δραστηριότητες του είναι η διοργάνωση επιμορφωτικών και εκπαιδευτικών σεμιναρίων και διαλέξεων σε θέματα καλλιτεχνικής δημιουργίας.
Βρίσκεται στη καρδιά της παλιάς πόλης του Ρεθύμνου, κάτω από το ενετικό τείχος και αρχαιολογικό μουσείο και στεγάζεται σε ένα ενετικό κτίριο που αποτέλεσε στις αρχές του 20ου αιώνα και μέχρι τη δεκαετία του 70΄,
Το Αρχαιολογικό Μουσείο των Αρχανών λειτουργεί από το 1993 σε ένα όμορφο νεοκλασικό κτίριο που στέγασε το 1ο δημοτικό σχολείο των Αρχανών, στη συνοικία Τζαμί. Εδώ φυλάσσονται μινωικά πήλινα και λίθινα αγγεία που βρέθηκαν κατά τη διάρκεια ανασκαφών στο Φουρνί, στα Ανεμόσπηλια και στις Αρχάνες.
Το Μουσείο Παραδοσιακής Ζωής και Λαϊκού Πολιτισμού Κρήτης Λυχνοστάτης κτίστηκε από τον ιατρό και συλλέκτη Γιώργο Μαρκάκη την περίοδο 1986-1992. Στην κατασκευή του χρησιμοποιήθηκαν μόνο πρωτογενή υλικά (πέτρα-ξύλο-πηλός) και αποφεύχθηκε η χρήση μηχανικών μέσων.
Το Τέμενος Μασταμπά, με την ιδιάζουσα αρχιτεκτονική των 9 τρούλων, τα συνεχόμενα κελιά, το «Ηγουμενείο» και τον περιβάλλοντα χώρο του αποτελεί αυτό καθ’ αυτό μνημείο της πόλης του Ρεθύμνου. Έχει παραχωρηθεί στο Μ.Γ.Φ.Ι. με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού. Μετά την ολοκλήρωση της αναστήλωσης και την εκτέλεση της σχετικής μουσειολογικής μελέτης, λειτουργεί ως Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου – Γουλανδρή Φ.Ι.
Η Πινακοθήκη Βιάννου στεγάζεται σε ένα αναστηλωμένο ελαιοτριβείο του Κερατόκαμπου. Το όραμα του ιδρυτή της Σάββα Πετράκη έγινε πραγματικότητα το 2008, όταν και εγκαινιάστηκε από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας η πινακοθήκη.
Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1953 από της Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών. Στεγάζεται σε ένα υπέροχο νεοκλασικό κτίριο που ήταν η οικία του Μίνωα Καλοκαιρινού και παραχωρήθηκε από το Ίδρυμα Καλοκαιρινού.