Στην κεντρική πλατεία του Χρωμοναστηρίου βρίσκεται η παλιά φάμπρικα, ελαιόμυλος του Πρινάρη, πλήρως ανακαινισμένη, με όλο τον παλιό της εξοπλισμό, που μπορεί να δουλέψει και σήμερα, λειτουργεί ως Κέντρο Εκπαίδευσης και Ενημέρωσης για τον Πολιτισμό της ελιάς, του λαδιού και των Μύλων.
Το μουσείο είναι αφιερωμένο στον λαϊκό καλλιτέχνη Αλκιβιάδη Σκουλά ο οποίος έζησε από το 1902 έως το 1996, πατέρας του μεγάλου καλλιτέχνη Βασίλη Σκουλά.
Το μουσείο λειτουργεί από το 1967 και ιδρύθηκε από το Σωματείο Αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης – Ομάδες Μπαντουβά. Στεγάζεται στο σημερινό στρατολογικό γραφείο Ηρακλείου, το οικόπεδο του οποίου ανήκε στον αντάρτη της Εθνικής Αντίστασης, καπετάν Μανώλη Μπαντουβά.
Το Μουσείο Ιστορίας της Ταφής αποτελεί έναν πολύ ιδιαίτερο χώρο του Ηρακλείου. Στεγάζεται στο διώροφο οστεοφυλάκιο του παλαιού κοιμητηρίου των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, το οποίο χρονολογείται από το 1890 και παρουσιάζει την ιστορία της ταφής από τη μινωική εποχή ως και σήμερα.
Το Λαογραφικό και Γεωλογικό Μουσείο Ζαρού βρίσκεται δίπλα στο ναό του Αγίου Γεωργίου στο Ζαρό και στεγάζεται σε ένα παραδοσιακό Κρητικό σπίτι. Το Μουσείο είναι δημιουργία του Παγκρήτιου Λαογραφικού Συλλόγου και λειτουργεί από το Νοέμβριο του 2014.
Το Μουσείο Νίκου Καζαντζάκη αποδίδει τιμή στον σπουδαίο άνθρωπο του πνεύματος, τον συγγραφέα, στοχαστή, φιλόσοφο, πολιτικό, ταξιδευτή, Νίκο Καζαντζάκη.
Το Αγροτικό Μουσείο Μενέλαου Παρλαμά & Συλλογή Υφαντών Θεανώς Μεταξά-Κανακάκη, στεγάζεται σε πετρόκτιστη φάμπρικα του 19ου αιώνα και οίκημα και ιδρύθηκε από την Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών το 1988.