Ιδρύθηκε το 1974 και στεγάζεται σε βενετσιάνικο κτήριο του 17ου αιώνα. Αποτελεί ένα θαυμάσιο δείγμα αστικής κατοικίας της τελευταίας φάσης της Βενετοκρατίας στην Κρήτη, σε ρυθμό αναγεννησιακό.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Αγίου Νικολάου ιδρύθηκε το 1970 και φιλοξενεί ευρήματα από την νεολιθική εποχή, την Μινωική εποχή και μέχρι τους ελληνορωμαϊκούς χρόνους που προέρχονται από το νομό Λασιθίου.
Το μουσείο βρίσκεται στο Μετόχι (Σγουδιανά) κοντά στον Κόρφο της Γαύδου. Ιδρυτής και ιδιοκτήτης του είναι ο ιερέας Εμμανουήλ Μπικογιαννάκης ο οποίος με μεράκι έχει μαζέψει και εκθέτει όλα εκείνα τα είδη λαϊκής Γαυγιώτικης τέχνης, τα οποία αφορούσαν την κάθε είδους απασχόληση: του γεωργού.
Το μοναδικό στην Ελλάδα Μουσείο Τυπογραφίας βρίσκεται στα Χανιά, λίγο έξω από την πόλη, στο Βιοτεχνικό Πάρκο Σούδας και αποτελεί όραμα ζωής του ιδρυτή του, Γιάννη Γαρεδάκη, ιδρυτή και εκδότη της εφημερίδας “Χανιώτικα νέα”.
Το μουσείο «Ελαιουργείον» δημιουργήθηκε στο Δρομόνερο για να σωθεί από την ερήμωση το παλιό ελαιουργείο Ζυμπραγού. Το κτίριο αποτελείται από τον κεντρικό οικοδομικό πυρήνα που κατασκευάστηκε με λιθοδομή τη δεκαετία του 1920 και από μεταγενέστερες πτέρυγες.
Φιλοξενείται στο Μεγάλο Αρσενάλι, το τελευταίο προς τα δυτικά κτίριο του συγκροτήματος των 17 νεωρίων που βρίσκονται στο ενετικό λιμάνι των Χανίων. Η κατασκευή του κτιρίου άρχισε το 1585 από τον Προβλεπτή Alvise Grimani.
Το Mουσείο Κοτσανά-Αρχαίας Ελληνικής Τεχνολογίας μελετά, αναδεικνύει και παρουσιάζει στο ελληνικό και διεθνές κοινό μια ύψιστης σημασίας αλλά σχετικά άγνωστη πτυχή του αρχαιοελληνικού πολιτισμού: την τεχνολογία. Στο ενετικό μεγαρο Ιττάρ, οι επισκέπτες έχουν την μοναδική ευκαιρία να εξερευνήσουν την έκθεση «Αρχαία Ελλάδα-Οι Απαρχές των Τεχνολογιών», η οποία περιλαμβάνει 55 επιλεγμένα εκθέματα –ομοιώματα εφευρέσεων
Στα Χανιά μην παραλείψετε να δείτε, στα νεώρια του ενετικού λιμανιού, το Μουσείο Αρχαίας και Παραδοσιακής Ναυπηγικής με την αναπαράσταση του Μινωικού πλοίου «Μινώα» του 16ου-15ου αιώνα π.Χ., το οποίο καθελκύστηκε το Δεκέμβριο του 2003 και το 2004 έκανε το παρθενικό του ταξίδι από τα Χανιά στον Πειραιά.