Το Μουσείο Ελιάς Βουβών βρίσκεται πλησίον του Μνημειακού δένδρου της Ελιάς των Βουβών, στον οικισμό Πάνω Βούβες, με το οποίο αποτελεί ένα ενιαίο και αρμονικό σύνολο.
Το Μουσείο Θαλάσσιου Πλούτου και Αλιευτικής Παράδοσης (Μουσείο Αλιείας) ξεκίνησε σαν ιδέα το 2000 και οι εργασίες του ολοκληρώθηκαν το 2001. Ξεκίνησε το ταξίδι του οριστικά τον Αύγουστο του 2005 και συνταξιδεύει με όσους επιθυμούν να γνωρίσουν μέσα από τα εκθέματα και τις συλλογές του ένα ξεχωριστό κομμάτι της πολιτιστικής κληρονομιάς μας.
Το Μουσικό εργαστήρι Λαβύρινθος ιδρύθηκε το 1982 από τον Ross Daly και από το 2002 στεγάζεται σε ένα υπέροχο παλιό κτίριο στο Χουδέτσι.
Το Μουσείο Κρητικών Βοτάνων - Herbarium Jacques Zaffran, εγκαινιάσθηκε το 2008. Στεγάζεται σε κτήριο της Ορθοδόξου Ακαδημίας Κρήτης και εκθέτει τα περίπου 9.000 βότανα της Συλλογής Κρητικών Βοτάνων, που πρόσφερε ο Γάλλος Καθηγητής της Βοτανικής Jacques Zaffran.
Το Μουσείο Χημείας Χανίων αποτελεί αναπαράσταση του Πρώτου Δημόσιου Χημείου της Ελλάδας που δημιουργήθηκε στα Χανιά και βρίσκεται στον 2ο όροφο του Γενικού Χημείου Χανίων. Δημιουργήθηκε το 1900, με διάταγμα της Κρητικής Πολιτείας, από τον χημικό Δρ Ιωάννη Βαμβακά με σκοπό την εποπτεία της δημόσιας υγείας.
Το μουσείο αγροτικής ιστορίας και λαϊκής τέχνης στεγάζεται στον παραδοσιακό οικισμό Αρόλιθος από το 1999. Η συλλογή περιλαμβάνει αντικείμενα ιστορικού, λαογραφικού και εκκλησιαστικού χαρακτήρα.
Το Λαογραφικό Μουσείο Σπηλίου στεγάζεται από το 2011 σε ένα διώροφο παραδοσιακό σπίτι του χωριού και ιδρύθηκε από το Σύλλογο Γυναικών του Σπηλίου. Στο ισόγειο ο επισκέπτης έχει τη δυνατότητα να δει πως ήταν ένα παραδοσιακό Κρητικό σπίτι, ενώ στον όροφο υπάρχει αίθουσα εκδηλώσεων.
Στο χωριό Έξω Λακώνια από το 2005 λειτουργεί μια εξαιρετική έκθεση κλασικών οχημάτων με πάνω από 110 ιστορικά οχήματα ιδιαίτερου συλλεκτικού ενδιαφέροντος από όλη την Κρήτη. Στο χώρο του Παγκρήτιου Συλλόγου Οχημάτων Εποχής λειτουργεί και μόνιμη έκθεση παλιάς φωτογραφίας αυτοκινήτων και μοτοσικλετών.