Ο Ληθαίος Ποταμός συγκεντρώνει τα νερά από την λεκάνη της Γέργερης και του Πανασού στις νοτιοανατολικές ρίζες του Ψηλορείτη. Συνεχίζει την πορεία του ως ανοιχτός ποταμός από τα Απομαρμά, κατά τη διάρκεια της οποίας πολλά κάθετα ρυάκια χύνονται στην κοίτη του. Καθόλη την πορεία του συναντάμε ερειπωμένους νερόμυλους, ενώ παράλληλα συναντάμε και ίχνη του αρχαίου υδραγωγείου που μετέφερε τα νερά της Γέργερης στη Γόρτυνα.
Λίγο πριν την αρχαία Γόρτυνα, το ρέμα συναντάει μαλακό ασβεστόλιθο και μετατρέπεται στο Φαράγγι του Ληθαίου που περνάει κάτω από την ακρόπολη. Το φαράγγι μπορεί να το διασχίσει κάποιος μέσω μονοπατιού που διέρχεται ψηλά στο δυτικό πλάι του. Στην αρχαία Γόρτυνα το φαράγγι μετατρέπεται πάλι σε ποτάμι σε πεδιάδα, περνάει δίπλα από τον αειθαλή πλάτανο της Γόρτυνας και διασχίζει την αρχαία πόλη. Στη συνέχεια με ομαλή πορεία περνάει από τη Μητρόπολη (γι' αυτό είναι γνωστός κι ως Μητροπολιανός Ποταμός) και τέλος χύνεται στον Γεροπόταμο, του οποίου αποτελεί βασικό παραπόταμο.