Η μικρή εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης είναι σύγχρονος ναός και βρίσκεται μέσα στο φρούριο της Φορτέτσας στο Ρέθυμνο . Κτίστηκε τον 19ο αιώνα με υλικά από το φρούριο πολύ κοντά στο σημείο που βρίσκεται το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν. Το καμπαναριό προστέθηκε το 1985.
Ο ναός της προστάτιδας του Ρεθύμνου, Αγίας Βαρβάρας, βρίσκεται κοντά στη Μεγάλη Παναγία και εορτάζει στις 4 Δεκεμβρίου. Ο ναός ιδρύθηκε το 1885 στη θέση παλαιότερου ναού, πιθανότατα αφιερωμένου στην ίδια αγία, που εμφανίζεται σε χάρτες του 1613.
Το Τζαμί του Καρα Μουσά Πασά στο Ρέθυμνο πήρε το όνομά του από τον ναύαρχο των Τούρκικων δυνάμεων κατάληψης του Ρεθύμνου, το έτος 1646. Στο σημείο αυτό, ήδη από την Ενετοκρατία, λειτουργούσε η μονή της Αγίας Βαρβάρας