Ο μιναρές από το τζαμί της Τουρχάν Χαντιτζέ δεσπόζει ακόμη στην κεντρική πλατεία του Ρεθύμνου. Η Τουρχάν Χαντιτζέ ανήκε στο χαρέμι του σουλτάνου Ιμπραήμ (1640-1648) και έγινε βασιλομήτωρ (valide sultan) το 1648, όταν έγινε σουλτάνος ο γιος της, Μεχμέτ Δ’.
Ο σημερινός ναός της Κυρίας των Αγγέλων ή «Μικρή Παναγία» στα ανατολικά της Παλιάς Πόλης του Ρεθύμνου, σε αντιπαραβολή με τη «Μεγάλη Παναγία», δηλαδή το μητροπολιτικό ναό του Ρεθύμνου, κτίστηκε τα τελευταία χρόνια της Ενετοκρατίας και ήταν αφιερωμένη στην Αγία Μαρία Μαγδαληνή του τάγματος των Δομηνικανών.
Στη γωνία των οδών Π. Κορωναίου και Σμύρνης βρισκόταν ο ναός της Αγίας Σοφίας. Πρόκειται για μια δίκλιτη εκκλησία με ένα ενιαίο εσωτερικά χώρο που καλύπτεται από δυο οξυκόρυφους θόλους.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου της Γρότα (Grotta) είναι μικρός μονόχωρος ναός που βρίσκεται σε στενό αδιέξοδο στην παλιά πόλη του Ρεθύμνου και χρονολογείται στον 16ο αιώνα. Η ταύτιση του σημερινού ναού με τον ομώνυμο ναό των Ενετικών αρχείων δεν είναι βέβαιη, καθώς στην πόλη υπήρχαν τρεις ναοί αφιερωμένοι στον Άγιο Γεώργιο.
Ο νεοκλασικός ναός του Αγίου Αντωνίου στην παλιά πόλη του Ρεθύμνου ανήκει στο καθολικό δόγμα. Κατασκευάστηκε το 1890, όπως αναφέρει σχετική επιγραφή στην είσοδο, και κτίστηκε για να καλύψει τις ανάγκες των καθολικών χριστιανών της πόλης.
Ο μεγάλος ναός των Τεσσάρων Μαρτύρων βρίσκεται νότια από τα τείχη της παλιάς πόλης. Είναι αφιερωμένος στους νεομάρτυρες κρυπτοχριστιανούς Αγγελή, Μανουήλ, Γεώργιο και Νικόλαο από τις Μέλαμπες, οι οποίοι μαρτύρησαν κοντά στο σημείο το 1824.
Ο μητροπολιτικός ναός της Μεγάλης Παναγιάς στο Ρέθυμνο είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου (εορτ. 21 Νοεμβρίου). Το αρχικό κτίριο ήταν τρίκλιτη βασιλική με το μεσαίο κλίτος αφιερωμένο στα Εισόδια της Παναγίας και τα άλλα δύο στους Τρεις Ιεράρχες και στους Αγίους Αποστόλους.
Το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν βρίσκεται σχεδόν στο κέντρο της επιβλητικής Φορτέτσας στο Ρέθυμνο. Το κτίριο κτίστηκε το 1583, δηλαδή κατά την Ενετοκρατία, και λειτούργησε ως χριστιανικός ναός αφιερωμένος στον Άγιο Νικόλαο.