Το τέμενος Γιαλί Τζαμισί (τζαμί της θάλασσας) είναι ουσιαστικά το μοναδικό διατηρούμενο τζαμί της πόλης των Χανίων. Κτίστηκε στη θέση προϋπάρχοντος ναού μετά την άλωση της πόλης το 1645 από τους Οθωμανούς, προς τιμήν του πρώτου φρούραρχου Κιουτσούκ (μικρού) Χασάν.
Ο τρίκλιτος καθολικός ναός που βρίσκεται στην οδό Χάληδων, είναι αφιερωμένος στην Παναγία και εγκαινιάστηκε στις 25 Απριλίου 1879. Βρίσκεται σε συνεχή λειτουργία μέχρι σήμερα και αποτελεί τον Καθεδρικό ναό της Καθολικής Επισκοπής Κρήτης, ο οποίος ταυτόχρονα είναι και ο ενοριακός ναός για την καθολική ενορία των Χανίων.
Ο Ναός της Αγίας Αικατερίνης βρίσκεται σε μικρή απόσταση από τον Άγιο Νικόλαο της Σπλάντζιας. Είναι δίκλιτος με ενιαία πρόσοψη που καταλήγει σε αέτωμα. Στο κέντρο της υπάρχει η βάση δίλοβου καμπαναριού. Η πρόσοψη είναι διαμορφωμένη με τη χρήση πεσσών και λαξευτών γείσων και τα θυρώματα επιστέφονται από γοτθίζοντα ανακουφιστικά τόξα.
Ο μικρός ναός των Αγίων Αναργύρων και Σάββα στην παλιά πόλη των Χανίων κτίστηκε από την εποχή της Ενετοκρατίας, καθώς αναφέρεται σε έγγραφο του 1583. Μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς τον 17ο αιώνα ο ναός αυτός ήταν ο μόνος χριστιανικός ορθόδοξος ναός μέσα στα Χανιά και αποτέλεσε και τον κεντρικό καθεδρικό ναό της επισκοπής Κυδωνίας.
Στη βορειοδυτική άκρη της πλατείας της Σπλάντζιας τοποθετείται η εκκλησία του Αγίου Ρόκκου. Η ανέγερση του ναού έγινε το 1630, πιθανόν μετά την εκδήλωση επιδημίας πανώλης, καθώς ο Άγιος Ρόκκος ήταν ο προστάτης των Χανίων από την πανώλη.
Φιλοξενείται στο Μεγάλο Αρσενάλι, το τελευταίο προς τα δυτικά κτίριο του συγκροτήματος των 17 νεωρίων που βρίσκονται στο ενετικό λιμάνι των Χανίων. Η κατασκευή του κτιρίου άρχισε το 1585 από τον Προβλεπτή Alvise Grimani.
Ο ναός της Μαρίας της Μαγδαληνής βρίσκεται στη Χαλέπα, την αρχοντική συνοικία των Χανίων. Ο ναός άρχισε να κτίζεται το 1901 με την οικονομική χορηγία 10.000 ρουβλίων του Μεγάλου Δούκα της Ρωσίας Γεωργίου σε ανάμνηση της διαμονής της γυναίκας του και συζύγου του Αρμοστή Κρήτης Πρίγκηπα Γεωργίου, Μαρίας, στα Χανιά.
Στα Χανιά μην παραλείψετε να δείτε, στα νεώρια του ενετικού λιμανιού, το Μουσείο Αρχαίας και Παραδοσιακής Ναυπηγικής με την αναπαράσταση του Μινωικού πλοίου «Μινώα» του 16ου-15ου αιώνα π.Χ., το οποίο καθελκύστηκε το Δεκέμβριο του 2003 και το 2004 έκανε το παρθενικό του ταξίδι από τα Χανιά στον Πειραιά.