Ο ναός της Αγίας Παρασκευής βρίσκεται δίπλα σε καταπράσινη ρεματιά, σε σημείο που επιβλέπει τη νότια μεριά των Αρχανών. Αυτό που την κάνει πολύ σημαντική εκκλησία, είναι οι λίγες αλλά σπουδαίες τοιχογραφίες που σώζονται στους τοίχους της και ανάγονται στην Ενετοκρατία.
Στη γωνία των οδών Π. Κορωναίου και Σμύρνης βρισκόταν ο ναός της Αγίας Σοφίας. Πρόκειται για μια δίκλιτη εκκλησία με ένα ενιαίο εσωτερικά χώρο που καλύπτεται από δυο οξυκόρυφους θόλους.
Ο ναός της Μεγάλης Παναγιάς στην κεντρική πλατεία της Νεάπολης δεσπόζει σε όλα τα σημεία της πόλης, όντας ο μεγαλύτερος ναός της Ανατολικής Κρήτης. Είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου και κατά τον εορτασμό της, στις 15 Αυγούστου, δέχεται χιλιάδες προσκυνητές από όλη την Κρήτη.
Ένα από τα μνημεία που αναδεικνύει την ακμή της αρχαίας Ιεράπετρας ήταν η «ναυμαχία», ένα θαλάσσιο θέατρο όπου τελούνταν αιματηρές παραστάσεις ναυμαχιών από φυλακισμένους και δούλους της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας και αποτελούσε ουσιαστικά τη μεταφορά σε θαλάσσιο περιβάλλον των μαχών στις αρένες.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου Κουμπελή βρίσκεται στην τοποθεσία Σόδι ανατολικά των Χανίων και στη δυτική βάση του Ακρωτηρίου Χανίων, πολύ κοντά στις εγκαταστάσεις του βιολογικού καθαρισμού.
Ο μεγάλος κοιμητηριακός ναός της Νεάπολης είναι δίκλιτος ναός αφιερωμένος στο Σωτήρα Χριστό και στους Αγίους Πάντες. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε σχετικά καλή κατάσταση. Η ύπαρξη δεξαμενής υπονοεί ότι ο χώρος χρησιμοποιήθηκε ως μονή.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο κέντρο των Μαργαριτών και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός. Κάτω από το στρώμα σοβά έχουν αποκαλυφθεί μερικές τοιχογραφίες του 1383. Στην είσοδο του ναού υπάρχει οικόσημο.
Ο διπλός ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο νεκροταφείο του οικισμού της Αρχαίας Ελεύθερνας. Ο αρχικός του 10ου αιώνα έχει τρούλο κι είναι κτισμένος στα ερείπια παλιότερου του 6ου αιώνα. Στον τρούλο σώζεται τοιχογραφία του Παντοκράτορα, ενώ στο δάπεδο υπάρχει τάφος.