Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στην Ιεράπετρα είναι ο σημαντικότερος της πόλης και ο Άγιος Γεώργιος είναι πολιούχος της. Ο ναός είναι τρίκλιτος με τρούλο πάνω σε ψηλό τύμπανο και ακολουθεί τα αρχιτεκτονικά πρότυπα της Τουρκοκρατίας και θυμίζει αρκετά τον Άγιο Τίτο στο Ηράκλειο.
Ο ναός της Αγίας Πελαγίας βρίσκεται σε σημείο με πανοραμική θέα στην Άνω Βιάννο και η πρόσβαση γίνεται με περπάτημα στα όμορφα σοκάκια του χωριού. Ο ναός χρονολογείται στον 14ο αιώνα και φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες του 1360 (χρονολογία που αναγράφεται στην είσοδο).
Το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν βρίσκεται σχεδόν στο κέντρο της επιβλητικής Φορτέτσας στο Ρέθυμνο. Το κτίριο κτίστηκε το 1583, δηλαδή κατά την Ενετοκρατία, και λειτούργησε ως χριστιανικός ναός αφιερωμένος στον Άγιο Νικόλαο.
Η μικρή εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης είναι σύγχρονος ναός και βρίσκεται μέσα στο φρούριο της Φορτέτσας στο Ρέθυμνο . Κτίστηκε τον 19ο αιώνα με υλικά από το φρούριο πολύ κοντά στο σημείο που βρίσκεται το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν. Το καμπαναριό προστέθηκε το 1985.
Στη θέση Κατσίβελος της Αρχαίας Ελεύθερνας έχουν αποκαλυφθεί τα ερείπια μιας επιβλητικής βασιλικής. Η βασιλική είναι κτισμένη στη θέση αρχαιότερου ιερού του 3ου αιώνα π.Χ, πιθανώς του Ερμή και της Αφροδίτης. Η βασιλική ιδρύθηκε από τον επίσκοπο Ελευθέρνης Ευφρατά περίπου το 450μΧ και ήταν αφιερωμένη στον Μιχαήλ Αρχάγγελο.
Μέσα στο Μαργαριτσανό φαράγγι συναντάμε το Βυζαντινό ναό της Αγίας Παρασκευής, στην οποία φτάνει χωματόδρομος από τα Πηγουνιανά. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει στο εσωτερικό του ίχνη τοιχογραφιών της Ενετοκρατίας.
Ο ναός της Παναγίας της Γαλατιανής ή Γαλενιανής βρίσκεται μέσα στα Μάλια και αποτελείται από τρία κλίτη, ως αποτέλεσμα της διαδοχικής προσθήκης το δύο κλιτών στον αρχικά μονόχωρο ναό του 14ου αιώνα που σήμερα αποτελεί το κεντρικό κλίτος. Τα τρία κλίτη είναι αφιερωμένα στους Αγίους Δέκα, στα Εισόδια της Θεοτόκου και στον Άγιο Χαράλαμπο και χρονολογούνται στο 1840, τον 14ο αιώνα και στο 1898 αντίστοιχα.
Μέσα στα γραφικά στενάκια της αγοράς των Επάνω Αρχανών συναντάμε τη μικρή πλατεία με το μικρό ναό του Τιμίου Σταυρού. Ο ναός είναι μονόχωρος και καμαροσκέπαστος και μέρος του ιερού είναι λαξευμένο σε βράχο, ενώ το ιερό του είναι πετρόκτιστο. Στο εσωτερικό δε φέρει τοιχογραφίες, αν και πιστεύεται ότι παλαιότερα υπήρχαν.