Στο Ρέθυμνο υπάρχουν αρκετά προσβάσιμα όμορφα φαράγγια. Το πιο γνωστό είναι το Κουρταλιώτικο Φαράγγι, μέσα από το οποίο περνάει ο Μεγάλος Ποταμός που καταλήγει στην πανέμορφη λίμνη του Πρέβελη με το ονειρικό φοινικόδασος. Η πορεία μέσα από την κοίτη του φαραγγιού, το οποίο έχει τη μεγαλύτερη ποσότητα νερού από όλα τα φαράγγια της Κρήτης, ως την έξοδό του είναι μια μοναδική εμπειρία. Άλλα γνωστά φαράγγια που προσφέρονται για πεζοπορία είναι τα Κολλητά στην περιοχή της Αργυρούπολης, του Κοτσυφού που καταλήγει στον Πλακιά, του Αγίου Αντωνίου στην Πατσό και το Πρασανό, των Πλατανιών ενώ κοντά στην πόλη του Ρεθύμνου βρίσκονται τα καταπράσινα φαράγγια των Μύλων, των Βεδέρων και του Γάλλου.
Φαράγγι Πετρέ 
Το φαράγγι του Πετρέ βρίσκεται 13km δυτικά του Ρεθύμνου και καταλήγει στην παραλία της Επισκοπής. Ο ποταμός του φαραγγιού, ο μεγαλύτερος στο δυτικό Ρέθυμνο, τροφοδοτείται από τα νερά των Κολλητών Φαραγγιών και της τριγύρω περιοχής, καλύπτοντας το μισό νομό, έχοντας νερό όλο το χρόνο.
Φαράγγι Βιλανδρέδο (Κολλητά) 
Τα Κολλητά Φαράγγια βρίσκονται στην περιοχή της πανέμορφης Αργυρούπολης, περίπου 22 χλμ νοτιοδυτικά του Ρεθύμνου. Ονομάζονται έτσι καθώς αποτελούνται από δύο παράλληλα φαράγγια.
Το όμορφο Γαλλιανό φαράγγι ξεκινάει νοτιοανατολικά του Γάλλου και καταλήγει μέσα στην πόλη του Ρεθύμνου. Έχει μήκος 5.5km και η πορεία γίνεται κατά μήκος της καταπράσινης ρεματιάς.
Οι Μαργαρίτες είναι ένα χωριό πασίγνωστο για την όμορφη αρχιτεκτονική του και τα παραδοσιακά εργαστήρια αγγειοπλαστικής. Στην ευρύτερη όμως περιοχή των χωριών Μαργαρίτες, Ορθέ, και Ελεύθερνας εμφανίζεται μια σειρά από μικρά και παράλληλα φαράγγια.
Το Σμιλιανό Φαράγγι ή Καλαμαύκα βρίσκεται βόρεια του χωριού Άνω Μέρος, περίπου 100km νοτιοδυτικά του Ηρακλείου. Μέσα από το φαράγγι διέρχεται ο Λυγιώτης ποταμός πηγάζει από τις λαγκαδιές του Γερακαρίου και της πλαγιές της Σάμιτου.
Το Αρκαδιώτικο φαράγγι ξεκινά βόρεια από τη Μονή Αρκαδίου και μέσα από μια πανέμορφη διαδρομή 2 ωρών (σε πολλά απροσπέλαστα σημεία παράλληλα από το φαράγγι) καταλήγει στο χωριό Πίκρης όπου ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει σημαντικά βενετσιάνικα αρχιτεκτονικά μνημεία.
Καταρράκτης Γρε Δάφνης 
Πάνω από την Κρύα Βρύση βρίσκεται ένας από τους ψηλότερους καταρράκτες στην Κρήτη, ο καταρράκτης της χαράδρας Γρε Δάφνης, γνωστός ως Ρέχτας. Έχει νερό μέχρι την άνοιξη και πέφτει από ύψος 100μ.! Λίγο παρακάτω στη χαράδρα της Γρε Δάφνης υπάρχει το αναρριχητικό πεδίο της Κρύας Βρύσης.
Ανατολικά από το Σπήλι, σε απόσταση 1,5 χιλ. περίπου, δίπλα από τον κεντρικό δρόμο προς Αγία Γαλήνη βρίσκεται το εκκλησάκι της Αγίας Φωτεινής, που όπως σε πολλά άλλα μέρη της Κρήτης έχει παραφραστεί σε Αγία Φωτιά. Δίπλα στο δρόμο υπάρχει μια πηγή με πολύ νερό όλο το χρόνο, εδώ υπήρχε ένας μεγάλος μύλος παλαιότερα ενώ κοντά σχηματίζεται μεγάλος καταρράκτης το χειμώνα.
