Λίγα μέτρα ανατολικά των Άνω Καπετανιανών, πάνω στο δρόμο που οδηγεί στον Άη Γιάννη, συναντάμε τον μεγάλο μονόχωρο ναό του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Ενώ εξωτερικά θυμίζει σύγχρονη εκκλησία, στο εσωτερικό του ο επισκέπτης θα εντυπωσιαστεί από τις τοιχογραφίες που χρονολογούνται στην περίοδο της Ενετοκρατίας (μέσα 14ου αιώνα). Παρά τη φθορά που έχουν υποστεί από το χρόνο, εξακολουθούν να αποτελούν εξαίσιο δείγμα εκείνης της περιόδου.
Ο ναός λειτούργησε πιθανόν ως καθολικό μικρής μονής, καθώς η τοποθεσία είναι γνωστή ως «Μοναστηριακά», ενώ επίσης μέχρι πριν λίγα χρόνια υπήρχαν ίχνη κελιών. Προφανώς υπήρξε και μετόχι της μονής του Κύριε Ελέησον που βρίσκεται πολύ κοντά, ενώ είναι κτισμένος πολύ κοντά σε πηγή. Η κτητορική επιγραφή αναφέρει ως ιδρυτή το μονανό Ματθαίο και τη συνοδεία του.
Ο εικονογραφικός διάκοσμος περιλαμβάνει πολλές σκηνές από τα Πάθη του Ιησού (π.χ. Μαστίγωση), τον κύκλο του τιμώμενου Αρχαγγέλου Μιχαήλ αλλά σκηνές της Δευτέρας Παρουσίας (σχεδόν σε όλο το δυτικό τοίχο). Επίσης, πάνω στις τοιχογραφίες υπάρχουν χαράγματα από τους διάφορους περιηγητές της εποχής, πράγμα που είναι αρκετά συνηθισμένο σε παραθαλάσσιες μονές της εποχής.