Το μεγαλύτερο ερημητήριο της Κρήτης, φυσικά απομονωμένο από τον υπόλοιπο πολιτισμό, ήταν τα δύσβατα Αστερούσια Όρη όπου λέγεται ότι έμεινε για δύο χρόνια ο Απόστολος Παύλος. Εκατοντάδες σπηλιές από τον Άγιο Νικήτα, τον Κουδουμά, τον Άγιο Αντώνιο, τον Άγιο Ιωάννη ως και το Ακρωτήριο Λίθινο, φιλοξένησαν τους φιλέρημους Χριστιανούς κάθε εποχής. Οι σχέσεις ανάμεσα στους ασκητές ήταν τόσο περιορισμένες, που στο Αγιοφάραγγο και το Μάρτσαλο μαζεύονταν μόνο μια φορά το χρόνο, στο Γουμενόσπηλιο, για να μετρηθούν και να δουν πόσοι επιζούν.
Μονή Αγίων Ευτυχιανών 
Σύμφωνα με την παράδοση εδώ ασκήτεψαν οι αδελφοί Ευτύχιος και Ευτυχιανός (πιθανόν κατά την Αραβική Κατοχή 827-961), που έδωσαν το όνομα τους στην περιοχή (στους Αγιούς). Η αδερφή τους Κασσιανή ασκήτεψε σε σπηλιά στο Κάβο Λίθινο.
Μονή Παναγίας Οδηγήτριας στο Σίβα 
Η Μονή Οδηγητρίας είναι ανδρική μονή που βρίσκεται σε οχυρή θέση των Αστερουσίων, Η Μονή Οδηγητρίας είναι ανδρική μονή που βρίσκεται σε οχυρή θέση των Αστερουσίων Ορέων, σε υψόμετρο 250m. Η μονή είναι προσβάσιμη μέσω του χωριού Σίβα της Μεσαράς.
Στα άγρια Αστερούσια Όρη και πάνω στο χωματόδρομο που οδηγεί από τα Καπετανιανά στην Τρυπητή συναντάμε το παλιό ξωκλήσι της Ζωοδόχου Πηγής. Ο ναός αποτέλεσε το καθολικό μικρής μονής του 13ου αιώνα που αναπτύχθηκε πολύ κοντά σε μικρή πηγή νερού.
Ο ναός του Αγίου Ανδρέα βρίσκεται στην τοποθεσία Κακά Πηλά και κτίστηκε τον 14-15ο αιώνα. Ο ναός που αποτελεί μετόχι της Μονής Παναγίας Οδηγήτριας φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες στο εσωτερικό του.
Το όνομα του φαραγγιού Αγιοφάραγγο οφείλεται στο ότι χρησιμοποιήθηκε από πολλούς ερημίτες που ασκήτευαν εδώ λόγω της απομόνωσης που προσφέρει από τις κατοικημένες περιοχές της Κρήτης.
Στην αρχή του φαραγγιού του Μάρτσαλου θα συναντήσετε την υπέροχη Εκκλησία της Παναγιάς της Μαρτσαλιανής, αφιερωμένη στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. Η Εκκλησία, που είναι κτισμένη μέσα στον βράχο, χρησιμοποιήθηκε ως κατακόμβη κατά την διάρκεια των χριστιανικών διωγμών.
Στον Άη Γιάννη στα Αστερούσια υπάρχει το ομώνυμο μοναστήρι, το οποίο είναι κτισμένο μέσα σε μια σπηλιά και έχει πολύ παλιές τοιχογραφίες (από το 1360). Αγιογραφίες υπάρχουν και στον εξωτερικό τοίχο του ναού, πολύ σπάνιο φαινόμενο στο νησί.
Ο σπηλαιώδης ναός της Παναγίας στη Βήθανο βρίσκεται σε πανοραμική τοποθεσία σε μια απόκρημνη πλαγιά του φαραγγιού της Λούτρας, στην περιφέρεια του χωριού Κρότος. Είναι αφιερωμένος στην Ζωοδόχο Πηγή και πάνω από την είσοδο του ναού σώζεται η χρονολογία 20-5-1765, χωρίς όμως να αναφέρεται συγκεκριμένη οικοδομική εργασία.
