Ο μικρός ναός των Αγίων Αναργύρων στην παλιά πόλη των Χανίων κτίστηκε από την εποχή της Ενετοκρατίας, καθώς αναφέρεται σε έγγραφο του 1583. Μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς τον 17ο αιώνα ο ναός αυτός ήταν ο μόνος χριστιανικός ορθόδοξος ναός μέσα στα Χανιά και αποτέλεσε και τον κεντρικό καθεδρικό ναό της Επισκοπής Κυδωνίας. Δεν είναι τυχαίο ότι γύρω από το ναό των Αγίων Αναργύρων συγκεντρώθηκαν τότε οι περισσότερες δραστηριότητες των Χριστιανών, όπως σχολεία, ιδρύματα, η επισκοπική κατοικία κα.
Ο ναός αποτελείται από τρεις χώρους, από τους οποίους ο νότιος αποτελεί πρόσφατη επέκταση στο χώρο του Βενετσιάνικου αρχοντικού, στο οποίο ήταν ενσωματωμένος αρχικά ο ναός, πιθανότατα ιδιωτικό παρεκκλήσι. Από τις εργασίες αναστήλωσης διαπιστώθηκε ότι πρώτα κτίστηκε το μικρότερο, καμαροσκέπαστο, ανατολικό τμήμα και στη συνέχεια έγινε μια όμοια επέκταση προς τα δυτικά. Μετά προστέθηκε ένα μεγαλύτερο μονόχωρο κλίτος στη βόρεια πλευρά κι αφιερώθηκε στον Άγιο Σάββα (σήμερα Άγιος Αρτέμιος). Αργότερα, έγινε μια ακόμη επέκταση προς την κατοικία που υπήρχε στη νότια πλευρά και το νέο κλίτος αφιερώθηκε στον Άγιο Χαράλαμπο.
Ο διάκοσμος του ναού στο μεγαλύτερο μέρος του χρονολογείται ανάμεσα στο 1837 και το 1841. Έχει εντοπιστεί επιγραφή που αναφέρει ως αφιερωτές τον Ρέκτορα των Χανίων Nicolaus Venerio και το Γεώργιο Σταυριανό. Τις εικόνες ζωγράφισε γύρω στα 1625 ο Χανιώτης ιερομόναχος Αμβρόσιος Έμπορος, ο πρώτος από μια σειρά ζωγράφους της δυτικής Κρήτης που επηρεάζεται έντονα από τις φλαμανδικές χαλκογραφίες. Τις εικόνες αφιέρωσαν ο Βενετσιάνος αξιωματούχος και οι ντόπιοι πολίτες στο νέο τοπικό Άγιο Ιωάννη Ερημίτη, στον οποίο είχαν στηρίξει τις ελπίδες τους για προστασία από την Οθωμανική απειλή.
Πηγή: Δήμος Χανίων