Στην περιοχή Κατω Πρίνα ανάμεσα στα χωριά Πρίνα και Μεσελέροι Λασιθίου βρίσκεται ο ναός του Αγίου Γεωργίου, ο επονομαζόμενος και Κρυφό Σκολειό. Ο βυζαντινός ναός του Αγίου Γεωργίου είναι πολύ καλά κρυμμένος σε μια πλαγιά ανάμεσα σε πολύ πυκνή βλάστηση από θάμνους, δέντρα και καλλιέργειες.
Ο δίκλιτος ναός του Αφέντη Χριστού και του Αγίου Χαραλάμπους βρίσκεται στη συνοικία της Κάτω Μεράς, στο λιμάνι της Ιεράπετρας και πολύ κοντά στο φρούριο Καλές. Είναι ο αρχαιότερος ναός της πόλης, ο οποίος έχει διαμορφωθεί στη σημερινή του μορφή ως αποτέλεσμα διαδοχικών επεμβάσεων.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στην Ιεράπετρα είναι ο σημαντικότερος της πόλης και ο Άγιος Γεώργιος είναι πολιούχος της. Ο ναός είναι τρίκλιτος με τρούλο πάνω σε ψηλό τύμπανο και ακολουθεί τα αρχιτεκτονικά πρότυπα της Τουρκοκρατίας και θυμίζει αρκετά τον Άγιο Τίτο στο Ηράκλειο.
Στο νεκροταφείο του χωριού Μεσελέροι Ιεράπετρας σώζεται ο Βυζαντινός ναός της Αγίας Μαρίνας με εξαιρετικές τοιχογραφίες που ανάγονται στην εποχή της Ενετοκρατίας (14ος αιώνας). Ανάμεσα στις τοιχογραφίες που ξεχωρίζουν είναι η Γέννηση του Ιησού και η Κάθοδος στον Άδη στο ιερό (αντί της συνηθισμένης Αναλήψεως του Ιησού).
Το σχεδόν έρημο χωριό Μεταξοχώρι της επαρχίας Βιάννου και νυν Δήμου Ιεράπετρας παίρνει το όνομά του προς τιμήν του Μελέτιου Μεταξάκη, Οικουμενικού Πατριάρχη τα έτη (1921-1923), ο οποίος γεννήθηκε εδώ. Εδώ ξεχωρίζουν οι ναοί του Αγίου Γεωργίου και ο μισογκρεμισμένος κοιμητηριακός ναός της Παναγίας (Εισόδια της Θεοτόκου).
Ο ναός της Παναγίας της Μεσοχωρίτισσας βρίσκεται στο κέντρο του γραφικού χωριού Μάλλες της επαρχίας Ιεράπετρας. Είναι καμαροσκέπαστος ναός, στον οποίο έχει προστεθεί σε δεύτερη φάση εγκάρσιο κλίτος. Και τα δύο τμήματα από τις δύο φάσεις κατασκευής φέρουν τοιχογραφίες, με το δυτικότερο να είναι το νεότερο.
Ο Βυζαντινός ναός της Αγίας Άννας βρίσκεται λίγα μέτρα δυτικά του οικισμού της Θρυπτής και ακριβώς πάνω από την αρχή του ρέματος που σχηματίζει το επιβλητικό φαράγγι του Χα. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος και είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Αγίας Άννας (εορτ. 25 Ιουλίου).
Για τα συνήθη δεδομένα της ανατολικής Κρήτης ο ναός του Αγίου Γεωργίου στο Καβούσι Ιεράπετρας είναι ένας μεγάλων διαστάσεων καμαροσπεπής ναός με δύο πτερύγια στο δυτικό τμήμα που δημιουργεί ένα νάρθηκα σε διάταξη Τ. Το μεγάλο μέρος του ναού προέξυψε μάλλον από επέκταση προς ανατολάς σε δεύτερη οικοδομική φάση.