Μύρτος κι αποτελεί εγκατάσταση της προανακτορικής φάσης του μινωικού πολιτισμού. Ο οικισμός ιδρύθηκε πριν το 2500 π.Χ. και είχε βίαιο τέλος πριν το 2100 π.Χ. Ήταν κτισμένος σε λόφο, τειχισμένος και περιλάμβανε εκατό περίπου δωμάτια σε πυκνή διάταξη.
Ο μινωικός οικισμός στη θέση Φούρνου Κορυφή βρίσκεται κοντά στοΣτο ιερό του οικισμού βρέθηκαν πολλά αγγεία για προσφορές τροφής και ποτού μπροστά από ένα χαμηλό θρανίο ή βωμό, στο οποίο στεκόταν ένα αγγείο-αγαλματίδιο της μινωικής γυναικείας θεότητας. Η μορφή με πολύ μικρό κεφάλι πάνω σε ψηλό, λεπτό λαιμό και κωδωνόσχημο σώμα κρατά με το δεξί χέρι και παράλληλα αγκαλιάζει με το αριστερό μικρού μεγέθους ραμφόστομη κανάτα, μοναδική έξοδο υγρού από το εσωτερικό του αγγείου. Η επονομαζόμενη «θεά της Μύρτου» αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα εκθέματα του Αρχαιολογικού Μουσείου στον Άγιο Νικόλαο.