Το μουσείο του ζωγράφου Δομήνικου Θεοτοκόπουλου (El Greco) βρίσκεται απέναντι από τη Βυζαντινή εκκλησία της Παναγιάς στη θέση Θεοτοκιανά του Φόδελε. Το οίκημα που στεγάζει το μουσείο πιστεύεται ότι ήταν το σπίτι του σπουδαιότερου Κρητικού ζωγράφου (1541-1614), καθώς ο ίδιος αναφέρει ότι γεννήθηκε 25 χλμ βορειοδυτικά του Ηρακλείου, δίπλα σε ένα Βυζαντινό Ναό.
Στο κέντρο της παλιάς πόλης, κατηφορίζοντας προς το λιμάνι από την οδό Χάληδων, υπάρχει το ιδιωτικό Λαογραφικό Μουσείο «Κρητικό σπίτι» το οποίο δημιουργήθηκε από το μεράκι δύο γυναικών, της Ασπασίας Μπικάκη και της Ειρήνης Κουμανδράκη.
Το Κρητικό Λαογραφικό και Νεοκλασικό μουσείο μαζί με το εκκλησιαστικό μουσείο και του Ελευθερίου Βενιζέλου, συνθέτουν ένα μοναδικό πολιτιστικό τοπίο, όπου το παρόν συγχέεται με το παρελθόν.
Το Λαογραφικό Μουσείο Αγίου Νικολάου, είναι ιδιωτικό και ιδρύθηκε το 1978. Στεγάζεται στο παλαιό Λιμεναρχείο δίπλα στη Λίμνη Βουλισμένη. Στους χώρους του εκτίθενται αντικείμενα κάθε είδους, δωρεά της Περιηγητικής Λέσχης Αγίου Νικολάου.
Το Μουσείο Κρητικής Εθνολογίας στους Βώρους αποτελείται από ένα εκθεσιακό συγκρότημα και από ένα Ερευνητικό και Συνεδριακό Κέντρο. Η έκθεση φιλοξενείται σε ένα διώροφο κτίριο και αποτελείται από 3000 εκθέματα που αναδεικνύουν την εθνολογική εξέλιξη του ανθρώπου μέσα από 7 βασικούς τομείς.
Το Μουσείο Παραδοσιακής Ζωής και Λαϊκού Πολιτισμού Κρήτης Λυχνοστάτης κτίστηκε από τον ιατρό και συλλέκτη Γιώργο Μαρκάκη την περίοδο 1986-1992. Στην κατασκευή του χρησιμοποιήθηκαν μόνο πρωτογενή υλικά (πέτρα-ξύλο-πηλός) και αποφεύχθηκε η χρήση μηχανικών μέσων.
Ιδρύθηκε το 1974 και στεγάζεται σε βενετσιάνικο κτήριο του 17ου αιώνα. Αποτελεί ένα θαυμάσιο δείγμα αστικής κατοικίας της τελευταίας φάσης της Βενετοκρατίας στην Κρήτη, σε ρυθμό αναγεννησιακό.
Το μουσείο βρίσκεται στο Μετόχι (Σγουδιανά) κοντά στον Κόρφο της Γαύδου. Ιδρυτής και ιδιοκτήτης του είναι ο ιερέας Εμμανουήλ Μπικογιαννάκης ο οποίος με μεράκι έχει μαζέψει και εκθέτει όλα εκείνα τα είδη λαϊκής Γαυγιώτικης τέχνης, τα οποία αφορούσαν την κάθε είδους απασχόληση: του γεωργού.