To Cretaquarium – Θαλασσόκοσμος είναι ένα από τα σημαντικότερα ενυδρεία στην Ευρώπη. Ξεκίνησε τη λειτουργία του το Δεκέμβριο του 2005 στην πρώην Αμερικανική Βάση των Γουρνών και αμέσως έγινε πόλος έλξης για χιλιάδες επισκέπτες.
Στην κεντρική πλατεία των Ανωγείων μπορεί κανείς να επισκεφθεί το ταπεινό σπίτι του Νίκου Ξυλούρη, του διασημότερου λυράρη του νησιού, του Αρχάγγελου της Κρήτης. Το σπίτι – μουσείο είναι ουσιαστικά ένα μικρό δωμάτιο όπου υπάρχουν κειμήλια και φωτογραφίες του θρυλικού «Ψαρονίκου».
Το Μουσείο της αρχαίας Ελεύθερνας είναι το πρώτο μουσείο αρχαιολογικού χώρου στην Κρήτη, καθώς βρίσκεται δίπλα στην αρχαία πόλη. Οι τρεις αίθουσες του μουσείου φιλοξενούν όλη την ιστορία της πόλης της Ελεύθερνας από το 3000 π.Χ. έως το 1300 μ.Χ. με αντικείμενα καθημερινής ζωής και έργα τέχνης.
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης του Πανεπιστημίου Κρήτης ιδρύθηκε το 1980 και από το 2007 στεγάζεται στο κτίριο της παλιάς ηλεκτρικής στην παραλιακή του Ηρακλείου, κοντά στο ενετικό λιμάνι.
Το μουσείο του ζωγράφου Δομήνικου Θεοτοκόπουλου (El Greco) βρίσκεται απέναντι από τη Βυζαντινή εκκλησία της Παναγιάς στη θέση Θεοτοκιανά του Φόδελε. Το οίκημα που στεγάζει το μουσείο πιστεύεται ότι ήταν το σπίτι του σπουδαιότερου Κρητικού ζωγράφου (1541-1614), καθώς ο ίδιος αναφέρει ότι γεννήθηκε 25 χλμ βορειοδυτικά του Ηρακλείου, δίπλα σε ένα Βυζαντινό Ναό.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων βρίσκεται στην ιστορική συνοικία της Χαλέπας, στην πόλη των Χανίων.
Η συλλογή με τις Μινωικές αρχαιότητες στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου είναι η σημαντικότερη στον κόσμο και το μουσείο θεωρείται το κατ' εξοχήν μουσείο του Μινωικού πολιτισμού. Είναι από τα μεγαλύτερα και πιο αξιόλογα μουσεία στην Ελλάδα και ένα από τα σημαντικότερα στην Ευρώπη.