Το Ιστορικό Αρχείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1920 με έδρα τα Χανιά το οποίο λειτούργησε άτυπα μέχρι το 1928 οπότε αναγνωρίσθηκε ως ΝΠΔΔ. Το 1943, με νομοθετικό διάταγμα έγινε Δημόσια Υπηρεσία ως παράρτημα των Γενικών Αρχείων του Κράτους.
Το μουσείο είναι μια ιδιωτική πρωτοβουλία του ιερωμένου Μιχάλη Γεωργουλάκη και αποτελείται από την προσωπική του συλλογή με λαογραφικά και ιστορικά αντικείμενα.
Το Αργυράκειο Πολεμικό και Εθνολογικό Μουσείο στεγάζει μια πολύ σημαντική πολεμική συλλογή του ιδρυτή του Μιχάλη Αργυράκη στην Επισκοπή Πεδιάδος. Παρουσιάζονται οικογενειακά κειμήλια, στρατιωτικός εξοπλισμός από τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, φωτογραφίες και έγγραφα.
Η έκθεση αυτή απευθύνεται σε όλους τους επισκέπτες του Εθνικού Δρυμού Σαμαριάς, αλλά και σε αυτούς που φτάνουν μέχρι το Ξυλόσκαλο χωρίς να σκοπεύουν να διανύσουν την απόσταση από Ξυλόσκαλο μέχρι Αγία Ρούμελη, δίνοντας τους μια ευκαιρία γνωριμίας με το χώρο και εκπαιδεύοντας τους περιβαλλοντικά.
Στην πλατεία της Αγίας Τριάδας στο χωριό Κρουσώνας βρίσκεται το μουσείο παραδοσιακής μουσικής, μουσικών οργάνων έρευνας και τεκμηρίωσης με το όνομα “ΘΥΡΑΘΕΝ”. Στεγάζεται σε ένα ανακαινισμένο παραδοσιακό σπίτι.
Η Δημοτική Πινακοθήκη στεγάζεται σε ένα τυπικό εμπορικό βιομηχανικό κτίριο νεοκλασικής Ελληνικής αρχιτεκτονικής στα τέλη του 19ου και αρχές 20ου αιώνα στην οδό Χάληδων που οδηγεί στο ενετικό λιμάνι, κοντά στο Αρχαιολογικό Μουσείο.
.Στο Βατόλακκο δημιουργήθηκε και διαρκώς εμπλουτίζεται μια λαογραφική συλλογή με δεκάδες αντικείμενα. Το Μουσείο Ελιάς και Λαδιού «Φάμπρικα Δερμιτζάκη» στεγάζεται σε ένα ελαιουργείου του 18ου αιώνα, το οποίο σύμφωνα με τους ειδικούς είναι σύγχρονο της Μονής Αρκαδίου
Κοντά στις κατάφυτες Πηγές της άνω Ζάκρου μπορούμε να επισκεφτούμε το μουσείο Νερού και Υδροκίνησης, το οποίο στεγάζεται σε τρεις αναστηλωμένους νερόμυλους από το 2007. Είναι χαρακτηριστικό ότι ολόκληρη η περιοχή ως τις αρχές του 20ου αιώνα εξαρτιόταν από τη Ζάκρο, καθώς εδώ υπήρχαν 11 νερόμυλοι.