Το Ρέθυμνο κατά την Ενετοκρατία είχε μεγάλο αριθμό εκκλησιών, με το νούμερο να κυμαίνεται σύμφωνα με τις πηγές, από 23 έως 46. Οι περισσότεροι ναοί ήταν Ορθόδοξοι, σήμερα ελάχιστοι από αυτούς σώζονται, ενώ κατά την Τουρκοκρατία πολλά ήταν και τα τζαμιά. Οι παλαιότεροι σωζόμενοι χριστιανικοί ναοί είναι της Αγίας Παρασκευής που σε δεύτερη χρήση σήμερα στεγάζει το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας και η Αγία Σοφία που χρησιμοποιείται από το Υπουργείο Πολιτισμού.
Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου 
Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζεται προσωρινά στη βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου στο κέντρο της παλιάς πόλης του Ρεθύμνου. Τα εκθέματα του προέρχονται από διάφορες ανασκαφές στο νομό και αντιπροσωπεύουν όλες τις περιόδους,από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.
Μονή Σωτήρος Χριστού Κουμπέ 
Η γυναικεία μονή του Σωτήρος Χριστού είναι κτισμένη στον λόφο του Τιμίου Σταυρού, στο προάστιο του Κουμπέ Ρεθύμνου. Η μονή πιθανόν ιδρύθηκε κατά την Ενετοκρατία, όπως κι όλα τα υπόλοιπα μοναστήρια και ναοί της περιοχής, αλλά δεν υπάρχουν στοιχεία.
Τζαμί Βαλιδέ Σουλτάνας (Τουρχάν Χαντιτζέ) 
Ο μιναρές από το τζαμί της Τουρχάν Χαντιτζέ δεσπόζει ακόμη στην κεντρική πλατεία του Ρεθύμνου. Η Τουρχάν Χαντιτζέ ανήκε στο χαρέμι του σουλτάνου Ιμπραήμ (1640-1648) και έγινε βασιλομήτωρ (valide sultan) το 1648, όταν έγινε σουλτάνος ο γιος της, Μεχμέτ Δ’.
Το Τζαμί του Καρα Μουσά Πασά στο Ρέθυμνο πήρε το όνομά του από τον ναύαρχο των Τούρκικων δυνάμεων κατάληψης του Ρεθύμνου, το έτος 1646. Στο σημείο αυτό, ήδη από την Ενετοκρατία, λειτουργούσε η μονή της Αγίας Βαρβάρας
Το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν βρίσκεται σχεδόν στο κέντρο της επιβλητικής Φορτέτσας στο Ρέθυμνο. Το κτίριο κτίστηκε το 1583, δηλαδή κατά την Ενετοκρατία, και λειτούργησε ως χριστιανικός ναός αφιερωμένος στον Άγιο Νικόλαο.
Στη γωνία των οδών Π. Κορωναίου και Σμύρνης βρισκόταν ο ναός της Αγίας Σοφίας. Πρόκειται για μια δίκλιτη εκκλησία με ένα ενιαίο εσωτερικά χώρο που καλύπτεται από δυο οξυκόρυφους θόλους.
Ο σημερινός ναός της Κυρίας των Αγγέλων ή «Μικρή Παναγία» στα ανατολικά της Παλιάς Πόλης του Ρεθύμνου, σε αντιπαραβολή με τη «Μεγάλη Παναγία», δηλαδή το μητροπολιτικό ναό του Ρεθύμνου, κτίστηκε τα τελευταία χρόνια της Ενετοκρατίας και ήταν αφιερωμένη στην Αγία Μαρία Μαγδαληνή του τάγματος των Δομηνικανών.
Ο νεοκλασικός ναός του Αγίου Αντωνίου στην παλιά πόλη του Ρεθύμνου ανήκει στο καθολικό δόγμα. Κατασκευάστηκε το 1890, όπως αναφέρει σχετική επιγραφή στην είσοδο, και κτίστηκε για να καλύψει τις ανάγκες των καθολικών χριστιανών της πόλης.
