Ο σημερινός ναός της Κυρίας των Αγγέλων ή «Μικρή Παναγία» στα ανατολικά της Παλιάς Πόλης του Ρεθύμνου, σε αντιπαραβολή με τη «Μεγάλη Παναγία», δηλαδή το μητροπολιτικό ναό του Ρεθύμνου, κτίστηκε τα τελευταία χρόνια της Ενετοκρατίας και ήταν αφιερωμένη στην Αγία Μαρία Μαγδαληνή του τάγματος των Δομηνικανών.
Πρόκειται για μια τρίκλιτη εκκλησία που ιδρύθηκε πιθανόν τον 16ο αιώνα στο τύπο του ελεύθερου σταυρού με τρούλο. Κατά την Οθωμανική περίοδο μετατράπηκε σε τζαμί με μιναρέ του Ανκεμπούτ Αχμέτ Πασά και επειδή η κορυφή του μιναρέ έπεσε ονομαζόταν «κουτσοτρούλης». Μόλις το 1917 επαναλειτούργησε ως χριστιανικός ναός.
Κατά μια παράδοση οι χριστιανοί της πόλης σκηνοθέτησαν την εύρεση μιας εικόνας της Παναγίας, στα σκαλιά του μιναρέ (σήμερα η εικόνα βρίσκεται στο πρώτο δεξιά προσκυνητάρι της εκκλησίας) για να αναγκάσουν τους Οθωμανούς να τους παραχωρήσουν το ναό.
Πηγή: Δήμος Ρεθύμνου