Το Φαράγγι του Βενεράτου σχηματίζεται περίπου 17χλμ νότια του Ηρακλείου, κάτω από τα γραφικά χωριά Βενεράτο και Αυγενική. Το βαθύ τμήμα του φαραγγιού είναι πολύ μικρό σε μήκος (περίπου 500μ), αλλά η ομορφιά του δεν αφήνει ανεπηρέαστο τον επισκέπτη του, παρόλο που έχει υποστεί μεγάλη μόλυνση από την ανθρώπινη δραστηριότητα. Ξεκινάει από την Αυγενική και καταλήγει στην εκκλησία του Αγίου Φανουρίου στο Βενεράτο, η οποία είναι κτισμένη κάτω από βραχοσκεπή. Μπορείτε να συνδυάσετε την βόλτα σας με μια επίσκεψη στο Βενεράτο, όπου οι Ενετοί άρχοντες είχαν τις επαύλεις τους. Κάτι θα ήξεραν οι Ενετοί φεουδάρχες όταν ονόμαζαν το Βενεράτο ως «Παρά κρεμμυδόφυλλο Βενετία», λόγω της ομορφιάς του τοπίου.
Μέσα από το φαράγγι διέρχεται ο ποταμός Απόλλωνας, ο οποίος έχει νερό όλο το χρόνο, πηγάζει από την περιοχή της Αγίας Βαρβάρας και αποτελεί παραπόταμο του Διακονιάρη ποταμού. Το όνομα του προέρχεται από την αρχαία πόλη Απολλωνία, που πιστεύεται πως υπήρχε εδώ, ελάχιστα ερείπια της οποίας σώζονται (όπως οι αρχαίοι κίονες από παλαιοχριστιανική βασιλική μέσα στη μονή Παλιανής). Συνεχίζοντας μέσα στο φαράγγι, η βλάστηση και τα πλατάνια πυκνώνουν και δένουν απίστευτα με ένα μεγάλο παλιό ετοιμόρροπο νερόμυλο. Στη συνέχεια, το φαράγγι στενεύει ως και τους 60 πόντους, ενώ τα τοιχώματα του φτάνουν σε ύψος τα 25 μέτρα.
Περπατώντας παρακάτω, θα δείτε μια μεγάλη σπηλιά, τη Γρα Σπηλιάρα, όπου φωλιάζουν πολλά αγριοπερίστερα. Η σπηλιά αυτή, αλλά και όλο το φαράγγι, χρησίμευσε ως καταφύγιο στην Τουρκοκρατία και την Κατοχή. Σε μερικά σημεία για να συνεχίσει κανείς, χρειάζεται να μπει μέσα στο νερό, ενώ σε άλλα σημεία χρειάζεται να αναρριχηθεί (εύκολα) στους βράχους. Επίσης, προτείνεται σε όσους περπατούν στο φαράγγι να φορούν κράνος, καθώς δεν αποκλείεται κάποια κατσίκα στα πλάγια του φαραγγιού να προκαλέσει κάποια μικρή κατολίσθηση. Προχωρώντας, μετά από 80μ συναντάμε το Κουρούπι, το σημείο όπου τα τοιχώματα του φαραγγιού υψώνονται και σχεδόν ενώνονται, ενώ το ρέμα σχηματίζει μικρούς καταρράκτες. Στα δεξιά υπάρχει σκίσιμο στο βράχο που ίσα χωράει έναν άνθρωπο κι έχει μήκος περίπου 20 μέτρα και καταλήγει σε αδιέξοδο (ένας γκρεμός 7 μέτρων). Στο Κουρούπι ουσιαστικά τερματίζει και η πορεία μας μέσα στο φαράγγι.
Ως τα μέσα του 1900, οι αγρότες έπιναν νερό από τον ποταμό, πότιζαν τα περιβόλια τους και το ποτάμι φιλοξενούσε χελώνες, χέλια, καβούρια και άλλα, αλλά σήμερα δυστυχώς το οικοσύστημα αυτό έχει υποβαθμιστεί έντονα από τη μόλυνση και τα οικιακά λύματα.