Ο Άγιος Ισίδωρος βρίσκεται στο βορειοανατολικότερο σημείο της Κρήτης, 32 χλμ ανατολικά της Σητείας και 99 χλμ ανατολικά του Αγίου Νικολάου. Πιο συγκεκριμένα βρίσκεται στο βορειότερο σημείο του Ακρωτηρίου Σαμώνιο ή Κάβο Σίδερο, μέσα στην περιφέρεια της Ναυτικής Βάσης στο Κυριαμάδι. Η τριγύρω περιοχή χαρακτηρίζεται από ένα μοναδικό τοπίο άγριας φυσικής ομορφιάς με χαμηλή βλάστηση, το οποίο έχει σμιλεύσει η αλμύρα, ο μανιασμένος αέρας και η θάλασσα.
Η μικρή παραλία του Αγίου Ισιδώρου βρίσκεται δίπλα στον ομώνυμο ναό που δίνει και το όνομα της στο Κάβο Σίδερο. Η εκκλησία είναι κτισμένη στα ερείπια ναού του 14ου αιώνα. Κοντά στην εκκλησία υψώνεται το όμορφο κτήριο του φάρου, που λειτουργεί και σήμερα και χτίστηκε το 1880. Κατά τον Απολλώνιο τον Ρόδιο στο ακρωτήριο Σαμώνιο αποβιβάστηκαν οι Αργοναύτες επιστρέφοντας από την Κολχίδα και εκεί έχτισαν το ναό της Μινωίδας ή Σαμωνίας Αθηνάς. Μέσα στη θάλασσα έχουν εντοπιστεί ίχνη ναού του 4ου π.Χ. αιώνα, που ίσως συνδέονται με αυτήν τη μαρτυρία.
Ο Άγιος Ισίδωρος διαθέτει μια μικρή παραλία με άμμο και μερικές πέτρες, η οποία αποτελεί φυσικό λιμανάκι, καθώς έχει νότιο προσανατολισμό και προστατεύεται από μεγάλους βράχους, που δημιουργούν μια στενή λωρίδα θάλασσας. Ωστόσο, η πρόσβαση από τη στεριά απαγορεύεται, καθώς είναι στρατιωτική ζώνη. Οι πύλες της ναυτικής βάσης ανοίγουν μόνο κατά την εορτή του Αγίου Ισιδώρου (4 Φεβρουαρίου). Δεκάδες λεωφορεία από όλη την Κρήτη προσέρχονται στο πανηγύρι, με πολλούς από τους επισκέπτες να συνδυάζουν την εκδρομή με τη συγκέντρωση των πεντανόστιμων αγριαγκινάρων που φύονται κατά χιλιάδες στην περιοχή. Συνήθως η εκδρομή συνδυάζεται με μια βόλτα στο φοινικόδασος στο Βάι και στην ιστορική Μονή Τοπλού, στην περιφέρεια της οποίας ανήκει ο ναός.