Η Κρήτη μπορεί να χαρακτηριστεί άνετα ως ένα Βυζαντινό Πάρκο με εκατοντάδες ναούς, που στολίστηκαν με σπουδαίες τοιχογραφίες κυρίως κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας. Ολόκληρες περιοχές όπως οι επαρχίες Κανδάνου, Σελίνου και Πεδιάδος έχουν πραγματικά πολύ μεγάλο αριθμό τοιχογραφημένων ναών, που επιβίωσαν από τους Οθωμανούς, σε σχέση με άλλες, όπως η επαρχία Τεμένους, που καταστράφηκαν κυρίως κατά την πολυετή πολιορκία του Χάνδακα. Μόνο στον Τοπογραφικό Κατάλογο των Τοιχογραφημένων Εκκλησιών της Κρήτης του Gerola στις αρχές του 20ου αιώνα αναφέρονται περισσότεροι από 800 αγιογραφημένοι ναοί!
Ναός Αγίας Μαρίνας στη Μονή Χαλέπας 
Περίπου 300μ. έξω από τη μονή βρίσκεται η εκκλησία της Αγίας Μαρίνας με παλιές τοιχογραφίες. Η εκκλησία φέρει το οικόσημο της οικογένειας Καλλέργη, μιας από τις σπουδαιότερες οικογένειες της Ενετικής περιόδου, γεγονός που υποδηλώνει ότι η περιοχή ήταν δικό της φέουδο.
Ο ναός της Παναγίας σώζει δυο στρώματα τοιχογραφικού διακόσμου. Το αρχαιότερο στρώμα εντοπίζεται στα δυτικά γωνιακά διαμερίσματα και χρονολογείται στον 11ο αιώνα. Στο βόρειο τοίχο αναπτύσσεται σε πυκνή παράταξη σειρά ολόσωμων αγίων και μαρτύρων με τους Αγίους Κωνσταντίνο και Ελένη.
Ένα από τα πολλά εκκλησάκια που είναι αφιερωμένα στον Άγιο Ιωάννη αλλά παραμένει εντελώς άσημο και με ελάχιστους επισκέπτες βρίσκεται πάνω στον δρόμο που ενώνει τα χωριά Επισκοπή και Κεφάλι Μυλοποτάμου Ρεθύμνου. Ο Άγιος Ιωάννης στέκεται ακριβώς την άκρη του δρόμου και με την πρώτη ματιά δείχνει να έχει το σχήμα και την όψη ενός νέου σχετικά ναού κατασκευασμένου στον εικοστό αιώνα.
Ο ναός της Παναγίας της Φανερωμένης βρίσκεται στον Άγιο Ιωάννη Μυλοποτάμου και ιδρύθηκε επί αυτοκρατορίας του Ανδρόνικου Β' Παλαιολόγου (1282-1328). Ο ναός ανήκει στον τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου, ο οποίος επεκτάθηκε προς τα δυτικά τον 16ο αιώνα. Στα νότια της επέκτασης προστέθηκε ταφικό παρεκκλήσι με ογκώδη σαρκοφάγο.
Στο κέντρο του μικρού χωριού Έρφοι στην επαρχία Μυλοποτάμου συναντάμε τον ναό του Αγίου Ιωάννη. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε καλή κατάσταση.
Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου στον Καλαμά Μυλοποτάμου χρονολογείται στον 12ο αιώνα και είναι από τις εντυπωσιακότερες εκκλησίες του νομού Ρεθύμνης. Έχει ιδιαίτερη αρχιτεκτονική,καθώς είναι σταυροειδής με δύο νάρθηκες μπροστά και θόλο στο κέντρο του σταυρού, θυμίζοντας τρίκλιτη εκκλησία.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο νεκροταφείο της Αξού, βόρεια από το λόφο της Αρχαίας Αξού. Αποτελεί μια από τις πολλές Βυζαντινές εκκλησίες της Αξού, που ήκμασε από την Ελληνορωμαϊκή Εποχή ως και τα ύστερα Βυζαντινά χρόνια.
Στη γειτονιά Καβαλαριά στο Αρμί των Ανωγείων Μυλοποτάμου βρίσκεται ο επιβλητικός δίκλιτος ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου και των Εισοδίων της Παναγίας. Στο εσωτερικό του υπάρχει εντυπωσιακό ξυλόγλυπτο τέμπλο με ανάγλυφες λεπτομέρειες. Το νότιο κλίτος φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο των αρχών του 14ου αιώνα.
