Στον Άη Γιάννη στα Αστερούσια υπάρχει το ομώνυμο μοναστήρι, το οποίο είναι κτισμένο μέσα σε μια σπηλιά και έχει πολύ παλιές τοιχογραφίες (από το 1360). Αγιογραφίες υπάρχουν και στον εξωτερικό τοίχο του ναού, πολύ σπάνιο φαινόμενο στο νησί.
Στην αρχή του φαραγγιού του Μάρτσαλου θα συναντήσετε την υπέροχη Εκκλησία της Παναγιάς της Μαρτσαλιανής, αφιερωμένη στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. Η Εκκλησία, που είναι κτισμένη μέσα στον βράχο, χρησιμοποιήθηκε ως κατακόμβη κατά την διάρκεια των χριστιανικών διωγμών.
Δυτικά από τη Μονή Κουδουμά, βρίσκεται το Αββακόσπηλιο, ένας σπηλαιώδης ναός στον οποίο ασκήτευε κατά τον 7ο αι. ο Όσιος Κοσμάς και θάφτηκε το σκήνωμα του, σύμφωνα με την παράδοση.
Λίγα μέτρα δυτικά των Καλών Λιμένων βρίσκεται το Εκκλησάκι του Αποστόλου Παύλου, το οποίο κτίστηκε στην τοποθεσία μιας παλαιότερης εκκλησίας του 1700, προς τιμή του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου Α' που επισκέφτηκε τους Καλούς Λιμένες στις 15 Νοεμβρίου 1992.
Λίγο πιο κάτω από την ιστορική Μονή Οδηγήτριας που βρίσκεται στην αγκαλιά των Αστερουσίων στο Νότιο Ηράκλειο συναντάμε το σπηλαιώδη ναό της Αγίας Κυριακής. Συγκεκριμένα βρίσκεται στην ανατολική πλαγιά του ρέματος Γιαλομονόχωρος λίγο πριν αυτό μπει στο φαράγγι των αγίων, το Αγιοφάραγγο στην περιοχή που ονομάζεται Κόκκινος Βόλακας.
Τα Καπετανιανά βρίσκονται στη θέση της πρώην μονής του Κύριε Ελέησον, ένα από τα σημαντικότερα κέντρα μοναχισμού στην Κρήτη όπου άνθισαν οι τέχνες και τα γράμματα. Κατά την περίοδο της Οθωμανικής κυριαρχίας το μοναστήρι έπαυσε να λειτουργεί.
Σύμφωνα με την παράδοση εδώ ασκήτεψαν οι αδελφοί Ευτύχιος και Ευτυχιανός (πιθανόν κατά την Αραβική Κατοχή 827-961), που έδωσαν το όνομα τους στην περιοχή (στους Αγιούς). Η αδερφή τους Κασσιανή ασκήτεψε σε σπηλιά στο Κάβο Λίθινο.
Η πρώην μονή του Αγίου Παύλου βρίσκεται κοντά στους Παρανύμφους, σε σημείο όπου υπάρχει πηγή. Τριγύρω βλέπουμε ίχνη από αρχαίο ιερό, που συλήθηκε από αρχαιοκάπηλους.