Το μουσείο ξεκίνησε τις δραστηριότητες του το 2005 και στεγάζεται στο ενετοτουρκικό μνημείο το οποίο είναι γνωστό ως «Διοικητήριο». Τα εκθέματά του παρέχουν μια διαχρονική εικόνα της ιστορίας της περιοχής από την προϊστορική εποχή μέχρι και την ύστερη αρχαιότητα, δηλαδή τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους.
Στα διοικητικά όρια της πρώην κοινότητας Βαρυπέτρου και συγκεκριμένα σε απόσταση 1,8 χλμ. ανατολικά-νοτιοανατολικά του ομώνυμου οικισμού και 7 περίπου χλμ. νότια-νοτιοδυτικά της πόλεως των Χανίων, βρίσκεται ένας μεγάλος, επιμήκης και βραχώδης λόφος, με υψόμετρο περί τα 380μ., που αποτελεί μια σημαντικότατη αρχαιολογική περιοχή.
Ο υστερομινωϊκός οικισμός του Αζοριά ήταν κτισμένος σε λόφο με δύο κορυφές 1km νοτιοδυτικά του σημερινού χωριού Καβούσι. Η πόλη ήκμασε την Αρχαϊκή Περίοδο (7ος – 5ος αιώνας πΧ).
Σε μικρή απόσταση από την Ελούντα, στη περιοχή των Αλυκών, βρίσκονται ελάχιστα ερείπια της αρχαίας πόλης Ολούς (κυρίως μέσα στη θάλασσα) που κατοικήθηκε οργανωμένα από τα Μινωικά χρόνια. Η Ολούς ή Ολούντα υπήρξε μια από τις σημαντικότερες εκατό πόλεις της αρχαίας Κρήτης, με πληθυσμό άνω των 30.000 ανθρώπων.
Ένα μικρό κάστρο υπήρχε κοντά στο χωριό Σίτανος της Επαρχίας Σητείας, στα Σκαλιά. Τα Σκαλιά ήταν ένα μικρό χωριό λίγων κατοίκων κτισμένο στην κορυφή μιας μικρής πλαγιάς, κατά τρόπο που οι εξωτερικοί τοίχοι των σπιτιών του αποτελούσαν το τείχος που περικύκλωνε τον οικισμό, από την βόρεια μεριά του οποίου μάλιστα υπήρχε προστατευτικός γκρεμός.
Η Έλυρος αποτέλεσε τη σημαντικότερη πόλη της νοτιοδυτικής Κρήτης κατά τη Δωρική και Ελληνορωμαϊκή Περίοδο. Ερείπια της σώζονται 500m από το σημερινό χωριό Ροδοβάνι, στο ύψωμα Κεφάλα με την πανοραμική θέα στη θάλασσα. Λιμάνια της πόλης ήταν η σημερινή Σούγια και η κοντινή Λισσός.
Το σπήλαιο του Αρκαλοχωρίου, γνωστό κι ως Ιερό Σπήλαιο, βρίσκεται νοτιοδυτικά του ομώνυμου χωριού και συγκεκριμένα στη νοτιοδυτική κλίτη του λόφου του Προφήτη Ηλία, σε υψόμετρο περίπου 400 μέτρα από τη θάλασσα.
Η Λασαία ήταν ένα από τα μεγαλύτερα λιμάνια της Γόρτυνας, της μεγαλύτερης πόλης της Ρωμαϊκής Κρήτης. Μάλιστα, η πόλη αναφέρεται στις πράξεις του Αγίου Παύλου, ο οποίος επισκέφτηκε την περιοχή κατά το ταξίδι του στη Ρώμη. Η Λασαία ήταν πλούσια σε κοιτάσματα χαλκού, τα οποία και αποτέλεσαν αντικείμενο εμπορίου.