Η βραχυκέρατη αγελάδα της Κρητικής φυλής διασώζει σήμερα πολλά άτομα κυρίως στην περιοχή της Δρακώνας στα Λευκά Όρη και μέχρι πρόσφατα θεωρούνταν σχεδόν εξαφανισμένη.
Η Κρήτη είναι απομονωμένη από τις υπόλοιπες ηπειρωτικές περιοχές της Ευρώπης, της Ασίας και της Αφρικής, γεγονός που αποτυπώνεται έντονα στη γενετική διαφορετικότητα της πανίδας του νησιού. Από τον περήφανο αγρίμι, τον φουρόγατο και την κρητική μυγαλή, ως τα στενοενδημικά αρθρόποδα και τις νυχτερίδες, η πανίδα της Κρήτης κρύβει πολλά μυστικά για την εξέλιξη των ειδών. Στο νησί δεν υπάρχουν ζώα που θα μπορούσαν να βλάψουν τον άνθρωπο, γεγονός που οι πρόγονοι των Κρητικών το απέδιδαν σε άθλο του Ηρακλή για να τιμήσει τη γενέτειρα του Δία, που τον προστάτευσε από τον Κρόνο και στις ευλογίες του Αποστόλου Παύλου, που έμεινε για δύο χρόνια στην Κρήτη. Η ορνιθοπανίδα της Κρήτης, θεωρείται μια από τις πλουσιότερες της Ευρώπης, καθώς φιλοξενεί περισσότερα από 350 είδη πτηνών. Στα κρητικά βουνά παρατηρείται ο μεγαλύτερος νησιωτικός πληθυσμός από γύπες στον κόσμο, ενώ, μαζί με την Κορσική, φιλοξενούν τα τελευταία ζευγάρια γυπαετών των Βαλκανίων.
