Η γυναικεία μονή του Σωτήρος Χριστού είναι κτισμένη στον λόφο του Τιμίου Σταυρού, στο προάστιο του Κουμπέ Ρεθύμνου. Η μονή πιθανόν ιδρύθηκε κατά την Ενετοκρατία, όπως κι όλα τα υπόλοιπα μοναστήρια και ναοί της περιοχής, αλλά δεν υπάρχουν στοιχεία.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζεται προσωρινά στη βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου στο κέντρο της παλιάς πόλης του Ρεθύμνου. Τα εκθέματα του προέρχονται από διάφορες ανασκαφές στο νομό και αντιπροσωπεύουν όλες τις περιόδους,από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.
<pΑν και οι παλαιότερες μαρτυρίες για τη μονή Αυγουστιανών μοναχών, ένα από τα πιο σημαντικά μοναστικά καθιδρύματα των βενετών, ανάγονται στο β’ μισό του 16ου αιώνα, εν τούτοις είναι σχεδόν βέβαιο ότι η μονή ιδρύθηκε σε αρκετά πρωιμότερη περίοδο. Σήμερα είναι γνωστό ως Νερατζέ Τζαμί.
Το Τέμενος Μασταμπά, με την ιδιάζουσα αρχιτεκτονική των 9 τρούλων, τα συνεχόμενα κελιά, το «Ηγουμενείο» και τον περιβάλλοντα χώρο του αποτελεί αυτό καθ’ αυτό μνημείο της πόλης του Ρεθύμνου. Έχει παραχωρηθεί στο Μ.Γ.Φ.Ι. με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού. Μετά την ολοκλήρωση της αναστήλωσης και την εκτέλεση της σχετικής μουσειολογικής μελέτης, λειτουργεί ως Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου – Γουλανδρή Φ.Ι.
Η μονή του Αγίου Παύλου βρίσκεται στον οικισμό του Γάλλου, κοντά στο Πανεπιστήμιο Κρήτης. Η αναστηλωμένη σήμερα μονή, για την οποία δεν διασώζονται πληροφορίες για την ιστορία της, αποτελεί μετόχι της Μονής Αρκαδίου.
Στη δυτική πλευρά του επιβλητικού κάστρου της Φορτέτσας στο Ρέθυμνο και πάνω από τη θάλασσα βρίσκεται ο σπηλαιώδης ναός του Αγίου Σπυρίδωνος στο Σκίερο (εορτ. 11 Αυγούστου και 12 Δεκεμβρίου). Ο ναός χρονολογείται στον ύστερο 16ο αιώνα και αποτελεί έναν από τους παλαιότερους ναούς της πόλης του Ρεθύμνου που διασώζονται.
Ο μιναρές από το τζαμί της Τουρχάν Χαντιτζέ δεσπόζει ακόμη στην κεντρική πλατεία του Ρεθύμνου. Η Τουρχάν Χαντιτζέ ανήκε στο χαρέμι του σουλτάνου Ιμπραήμ (1640-1648) και έγινε βασιλομήτωρ (valide sultan) το 1648, όταν έγινε σουλτάνος ο γιος της, Μεχμέτ Δ’.
Ο σημερινός ναός της Κυρίας των Αγγέλων ή «Μικρή Παναγία» στα ανατολικά της Παλιάς Πόλης του Ρεθύμνου, σε αντιπαραβολή με τη «Μεγάλη Παναγία», δηλαδή το μητροπολιτικό ναό του Ρεθύμνου, κτίστηκε τα τελευταία χρόνια της Ενετοκρατίας και ήταν αφιερωμένη στην Αγία Μαρία Μαγδαληνή του τάγματος των Δομηνικανών.