Ο μητροπολιτικός ναός της Μεγάλης Παναγιάς στο Ρέθυμνο είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου (εορτ. 21 Νοεμβρίου) και ονομάζεται έτσι για να διακρίνεται από τη Μικρή Παναγιά. Το αρχικό κτίριο ήταν τρίκλιτη βασιλική με το μεσαίο κλίτος αφιερωμένο στα Εισόδια της Παναγίας και τα άλλα δύο στους Τρεις Ιεράρχες και στους Αγίους Αποστόλους. Τούτος ο ναός θεμελιώθηκε το 1844 και ολοκληρώθηκε το 1856, επί επισκοπείας Καλλίνικου Νικολετάκη.
Ωστόσο βομβαρδίστηκε κατά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο και έτσι κρίθηκε αναγκαία η κατεδάφιση του ναού. Στη θέση του κτίστηκε ο μεγαλοπρεπής σημερινός ναός στα πρότυπα της Παναγίας της Τήνου, διατηρώντας την ίδια εσωτερική μορφή, με το τέμπλο του 1852 του Δημητρίου Ραγουζή.
Στο ναό φυλάσσονται επίσης σπουδαίες φορητές εικόνες, με σπουδαιότερη την Παναγία του Πάθους (15ος αιώνας), αλλά και άλλα ισερά σκεύη. Στον περίβολο της εκκλησίας υψώνεται το καμπαναριό του 1899 με το ρολόι, του οποίου η πρώτη καμπάνα φυλάσσεται στο Εκκλησιαστικό Μουσείο Ρεθύμνου που βρίσκεται δίπλα.